Sammenhængen mellem migræne og funktionelle gastrointestinale lidelser er blevet bekræftet af mange kliniske observationer og epidemiologiske undersøgelser. Hos de fleste patienter under migræneanfald forekommer der, ud over forskellige neurologiske og vaskulære symptomer, gastrointestinale forstyrrelser, herunder kvalme, opkastning, mavesmerter eller diarré. Funktionelle gastrointestinale lidelser som f.eks. irritabel tarmsyndrom (IBS) rapporteres også hos migrænepatienter i perioder mellem anfaldene. På den anden side har 23-53 % af IBS-patienterne hyppig hovedpine. Migræne og IBS eksisterer ofte sammen med fibromyalgi og andre kroniske smertesyndromer og funktionelle lidelser. Migræne og IBS rammer ca. 10-20 % af den almindelige befolkning, som regel unge voksne. Begge sygdomme er mere udbredte hos kvinder, måske på grund af østrogenets rolle i deres patogenese. I forsøget på at finde frem til de fælles patogenetiske mekanismer for IBS og migræne overvejer man den rolle, som hjerne-tarm-aksen, neuroimmune og neuroendokrine interaktioner spiller. Stressens indflydelse på symptomforekomsten og symptomernes sværhedsgrad synes at være forbundet med hyperaktivitet af hypothalamus-hypofysen-binyreaksen. Det enteriske nervesystem som kilde til talrige neurotransmittere og viscerale reflekser er et plausibelt fælles patogent link mellem IBS og migræne. Især serotonin, som er den vigtigste neurotransmitter i mave-tarmkanalen, spiller en relevant rolle i patogenesen for IBS såvel som for migræne. I dag er agonister og antagonister af serotoninerge receptorer de mest effektive lægemidler til behandling af IBS og migræne. Nogle bivirkninger af triptaner, 5-HT(1B/D)-agonister, der anvendes til migrænebehandling, kan være forbundet med triptanernes indflydelse på de gastrointestinale funktioner. En bedre forståelse af forholdet mellem migræne og IBS kan føre til en mere effektiv behandling af begge sygdomme.