Illustreret i figur 2(a) er fluorescensemissionsprofilen ved hjælp af DAPI-FITC-filterblokken og en kultur af indiske Muntjac hjorteskindsfibroblastceller farvet med Alexa Fluor 488 konjugeret til phalloidin, som binder sig til det intracellulære filamentøse actin-netværk. Absorptionsmaksimum for Alexa Fluor 488 i synligt lys er 495 nanometer, og emissionsmaksimumet ligger ved 519 nanometer i det grønne område af spektret. Derudover blev prøven samtidig farvet med DAPI (målrettet DNA i cellekernen; excitation ved 358 nanometer og emission ved 461 nanometer) og MitoTracker Red CMXRos (målrettet mitochondrier; rød emission). Bemærk fraværet af signalet fra den røde fluorofore (MitoTracker), men tilstedeværelsen af lysegrøn fluorescens fra aktinfilamenterne og det blå signal med lidt lavere intensitet fra DAPI i cellekernen.
Et tyndt snit af musetarm farvet med Alexa Fluor 350 hvedekimagglutininin, et blå fluorescerende lektin, der er specifikt for slim i gobletceller, er vist i figur 2(b). Desuden blev prøven samtidig farvet med Alexa Fluor 568 phalloidin (filamentøst actin; 600 nanometer emission) og SYTOX Green (kerner; 504 nanometer excitation og 523 nanometer emission). Bemærk det lave signalniveau fra den blå fluorofore (Alexa Fluor 350), men den lyse grønne fluorescens af kerner i vævsprøven på grund af SYTOX Green-fluorescensen. Denne dobbelte excitationsfilterkombination eliminerer effektivt signalet fra den røde sonde (Alexa Fluor 568).
Figur 2(c) viser fluorescensemissionsintensiteten fra en kultur af rottekænguru-epitelceller (PtK2), der blev immunofluorescerende mærket med primære monoklonale anti-bovine alfa-tubulin-mus-antistoffer efterfulgt af gede-anti-mus Fab-fragmenter konjugeret til Alexa Fluor 488. Desuden blev prøven mærket med Hoechst 33258, der selektivt binder til DNA i cellekernen, og MitoTracker Red CMXRos (der er rettet mod mitokondrier; rød fluorescens). Bemærk den fremtrædende grønne farvning af det intracellulære mikrotubuli-netværk, der strækker sig gennem hele cytoplasmaet, og den blå emission fra Hoechst 33258 bundet til DNA i kernen. Cellen i den nederste del af billedet ser ud til at være under mitose i prometafase eller metafase.
Celler af schweizisk mus (3T3-linjen), der er immunofluorescerende mærket med primære monoklonale anticytochromoxidase-mus-antistoffer efterfulgt af gede-anti-mus Fab-fragmenter konjugeret til Alexa Fluor 568, er illustreret i figur 2(d). Prøven blev også mærket med flere yderligere prober, herunder lektin Helix pomatia agglutininin (HPA) konjugeret til Alexa Fluor 488 (grøn emission), som selektivt binder sig til glykoproteiner i Golgi-apparatet i denne cellelinje. Cytoskeletale aktinfilamenter blev farvet med Alexa Fluor 680 (rød excitation; nær-infrarød emission), og det nukleare DNA blev mærket med DAPI (blå emission). Bemærk den fremtrædende grønne farvning af Golgi-apparatet og den blå fluorescensintensitet i kerner.
Fluorescensemission fra et tyndt snit af en musenyre farvet med flere (3) fluorophorer er vist i figur 2(e). Kerner i vævsafsnittet blev målrettet med nukleinsyresonden DAPI, som har et excitationsmaksimum ved 358 nanometer og et emissionsmaksimum ved 461 nanometer, når den er bundet til DNA i cellekulturer og vævsafsnit. Kryostatsnittet blev desuden samtidig farvet med Alexa Fluor 488 hvedekimagglutinin (glomeruli og konvolutterede tubuli) og Alexa Fluor 568 phalloidin (filamentøst actin og børstensgrænsen). Bemærk tilstedeværelsen af signalet fra både de blå (DAPI) og grønne (Alexa Fluor 488) prober, men fraværet af orange-rød fluorescens på grund af Alexa Fluor 568-konjugater i aktin- og børstensgrænsenetværkene.
Autofluorescensemission fra et tyndt snit af en majskerne (Zea mays) er vist i figur 2(f). Endogen autofluorescens i plantevæv stammer fra en række biomolekyler, herunder klorofyl, caroten og xantofyl. I de ultraviolette og blå excitationsområder har klorofyl et absorptionsbånd med en høj extinktionskoefficient og producerer en betydelig mængde fluorescens, når det exciteres med bølgelængder mellem 350 og 500 nanometer. For det ovenfor illustrerede majskernevæv bemærkes tilstedeværelsen af autofluorescensemissionsintensitet i de blå og grønne spektralområder, hvilket er karakteristisk for Nikon DAPI-FITC-fluorescensfilterkombinationen.