Hjælpe-biskop i DenverRediger
Den 23. januar 2001 udnævnte pave Johannes Paul II Gómez til hjælpe-biskop i ærkebispedømmet Denver og titulærbiskop i Belali. Han modtog sin biskoppelige indvielse den 26. marts af ærkebiskop Charles J. Chaput, O.F.M. Cap. med biskopperne Joseph Fiorenza og Javier Echevarría Rodríguez som medkonsekratorer. Han valgte som sit biskoppelige motto “Adeamus cum fiducia ad thronum gratiae”, hvilket betyder “Lad os med tillid nærme os nådens trone” (Hebræerbrevet 4,16). Han var det første numerære medlem af Opus Dei, der blev indviet til biskop i USA. Som biskop er han ikke længere medlem af denne organisation, da han refererer til paven og således ikke er ansvarlig over for den prælat, der har ansvaret for Opus Dei. Gomez har sagt, at han ikke er “medlem” af Opus Dei, men at han snarere er blevet præsteviet i Opus Dei, og at hans spiritualitet afspejler denne baggrund.
Gómez var rektor for Cathedral of the Immaculate Conception i Denver fra 2001 til 2003. Derefter var han både moderator for kurien og præst i Mother of God Church.
Ærkebiskop af San AntonioRediger
Gómez blev udnævnt til ærkebiskop af San Antonio den 29. december 2004. I 2005 blev han udnævnt til en af Time’s 25 mest indflydelsesrige latinamerikanere i USA, og i 2007 var han på CNN’s liste over “Notable Hispanics” i et webspecial i forbindelse med fejringen af Hispanic Heritage Month. I 2006 indførte ærkebiskop Gomez officielt The Catholic Community Foundation for den romersk-katolske kirke i ærkebispedømmet San Antonio. I 2007 var han medvirkende til at bringe latinamerikanske ledere og katolske biskopper sammen i forbindelse med oprettelsen af Catholic Association of Latino Leaders (CALL)
I sin tid i San Antonio fik Gómez et ry som en ortodoks leder, der vendte nogle af de mere liberalt orienterede initiativer i bispedømmet. Han opløste kansliets kommission for retfærdighed og fred, efter at dens medlemmer havde udtrykt deres modstand mod hans støtte til en forfatningsændring i staten, der forbød ægteskab mellem personer af samme køn. Under præsidentvalget i 2008 udtrykte han offentligt bekymring, da St. Mary’s University, det ældste katolske universitet i Texas, tillod den abortvenlige kandidat Hillary Clinton at afholde et kampagnearrangement på campus. Han gav også udtryk for bekymring, da et andet katolsk universitet, Our Lady of the Lake University, tillod en højt profileret nonne, som nogle hævder støtter kvindelige ordinationer, at være hovedtaler ved et arrangement. Han hilste Summorum Pontificum velkommen, som gav større frihed til den tridentinske messe, idet han sagde, at det ville bevare “kirkens rige arv og arv”.
Han er medlem af den pavelige kommission for Latinamerika i den romerske kurie og af bestyrelsen for The Catholic University of America. Som medlem af United States Conference of Catholic Bishops er han formand for underudvalget for kirken i Latinamerika; i sidstnævnte egenskab ledede han en delegation bestående af tre biskopper til Haiti for at vurdere situationen i landet efter jordskælvet i 2010. Han er også nyvalgt formand for Migrationsudvalget, formand for Task Force on the Spanish-language Bible og medlem af Udvalget for Doktrin.
Ærkebiskop af Los AngelesRediger
Den 6. april 2010 blev Gómez af pave Benedikt XVI udnævnt til koadjutorærkebiskop for ærkebispedømmet Los Angeles. Ærkebispedømmet Los Angeles er det største katolske stift i landet, hvor latinamerikanere udgør mere end to tredjedele af ærkebispedømmets fem millioner katolikker. Gómez efterfulgte kardinal Mahony den 1. marts 2011 med en overgangsceremoni, der blev afholdt den 27. februar 2011. Han er den første latinamerikaner til at fungere som ærkebiskop af Los Angeles og den højest rangerende latinamerikanske biskop i USA. Han sagde: “Jeg er meget taknemmelig over for den Hellige Fader for at have givet mig denne mulighed for at tjene kirken sammen med en mentor og leder som kardinal Roger Mahony. Jeg er taknemmelig over for den apostolske nuntius, ærkebiskop Pietro Sambi, for at have støttet den hellige faders tillid til mig. Jeg vil forsøge af alle kræfter at gøre mig fortjent til denne tillid.”
Gómez betragtes som teologisk konservativ, men han anses også for at være “en naturlig forsoningsmand, der beundres for at forene rige og fattige og anglo- og latinamerikanske katolikker”. Han anses for at være mere konservativ end sin forgænger, kardinal Mahony. I forbindelse med denne opfattelse sagde Mahony imidlertid, at “disse etiketter som ‘konservativ’ og ‘liberal’ er virkelig uhensigtsmæssige i kirkens liv”, og “jeg kan bevidne, at vi begge deler et fælles engagement i Kristus og i kirken, og at vi begge er interesserede i at fremme kirkens lære fuldt ud samt bringe Kristi ord og eksempel til dagens samfund og verden”. Gomez sagde også, at det ville være forkert af observatører at konkludere, at han var konservativ, fordi han var præst i Opus Dei.
Den 18. september 2012 udnævnte pave Benedikt XVI ærkebiskop Gómez til en af synodefædrene til den 13. ordinære generalforsamling af bispesynoden om den nye evangelisering i oktober 2012.
Den 24. november 2012 blev han udnævnt til medlem af det pavelige råd for social kommunikation.
Den 31. januar 2013 erklærede Gomez, at kardinal Roger Mahony, ærkebiskop emeritus, “ikke længere ville have nogen administrative eller offentlige opgaver” for ærkebispedømmet Los Angeles. Meddelelsen kom samtidig med, at Gomez afslørede sine filer i forbindelse med seksuelt misbrug af præster. Han sagde: “Jeg synes, at disse filer er brutal og smertefuld læsning. Den adfærd, der beskrives i disse sager, er frygtelig trist og ondskabsfuld. Der er ingen undskyldning, ingen forklaring på, hvad der er sket med disse børn. De involverede præster havde pligt til at være deres åndelige fædre, og de svigtede. Vi er nødt til at erkende denne frygtelige svigt i dag.”
Under Gómez’ ledelse og med hans velsignelse har Queen of Angels Foundation, en offentlig sammenslutning af troende i henhold til kanonisk ret, der er grundlagt af Mark Anchor Albert, siden 2011 genoplivet den forfaldne skik med at sponsorere en marieprocession og en votivmesse til minde om grundlæggelsen af byen Los Angeles den 4. september 1781. Siden 2012 har Gómez været den vigtigste celebranten af denne årlige messe til ære for Nuestra Señora de los Ángeles (Vor Frue af Englene), byens og amtets Los Angeles’ patroninde og navnebror.
Fredag den 14. november 2014 blev ærkebiskop Gomez under efterårsmødet i United States Conference of Catholic Bishops valgt som en af de delegerede til biskoppernes verdenssynode om familien i 2015, indtil Vatikanets godkendelse foreligger.
Den 15. november 2016 blev han valgt som vicepræsident for USCCB, og den 12. november 2019 blev han valgt som præsident for USCCB. Han er den første latino-biskop, der nogensinde har beklædt posten.