Gaffigan begyndte sin karriere som skuespillerinde i regionale teatre og efter at være flyttet til New York optrådte hun i skitsekomediegrupper og små teaterkompagnier, hvor dramatikere udviklede originale stykker. Gaffigan grundlagde det almennyttige teaterkompagni Shakespeare on the Playground, der har til formål at undervise unge i læse- og skrivefærdigheder og produktion til unge i byerne gennem opførelse af komplette Shakespeare-skuespil. Hun begyndte at skrive og producere komedier sammen med sin ven og senere mand Jim Gaffigan. Siden da har Gaffigan været med til at skrive og producere alle Jims fem komediespecials, og hun har også været instruktør på hans femte speciale.
Gaffigan var med til at skrive en animeret serie kaldet Pale Force, med Jim Gaffigan og Conan O’Brien i hovedrollerne, som hun modtog en Emmy-nominering for. Hun arbejdede på den sammen med sine brødre Paul Noth, en New Yorker-tegneserieskaber, og Patrick Noth, en komedieforfatter og komponist.
I 2013 begyndte Gaffigan at udvikle et pilotprojekt sammen med sin mand med titlen The Jim Gaffigan Show. Efter at have arbejdet med NBC og CBS landede showet hos TV Land, hvor Gaffigan skrev og producerede alle 22 afsnit sammen med Jim. Hun instruerede det afsluttende afsnit af sæson 2. I august 2016 besluttede Jim og Jeannie, at de ikke ville fortsætte med sæson 3 af showet, så de kunne bruge mere tid på deres familie.
I juli 2015 optrådte Gaffigan-parret i NPR-programmet Ask Me Another, hvor Gaffigan spillede en version af Newlywed Game; hun fik alle svarene rigtige.
Siden 8. april 2016 har Gaffigan optrådt i en markedsføringskampagne for 2017 Chrysler Pacifica med Jim Gaffigan og parrets børn i hovedrollen.
I marts 2016 modtog hun en Christopher Award for sæson 1-afsnittet af The Jim Gaffigan Show, “My Friend the Priest”. Hun modtog også Eloquentia Perfecta-prisen fra Fordham University for sit arbejde inden for tv og medier.
I maj 2016 holdt Gaffigan-parret tiltrædelsestalen på Catholic University of America. Gaffigans holdt også tiltrædelsestalen på Gaffigans alma mater Marquette University den 20. maj 2018. De blev begge tildelt en æresdoktor i humane bogstaver som en del af dimissionsceremonien.
I juni 2018 udgav Gaffigans en kort video skrevet og instrueret af Gaffigan med Jim, Marre, Jack, Katie, Michael og Patrick Gaffigan i hovedrollerne, kaldet A Short Film by @JeannieGaffigan.