Mellem 1512 og 1516 skabte kunstnerne Niclaus af Haguenau (for den skulpturelle del) og Grünewald (for de malede paneler) denne berømte altertavle til Antoniterordenens klosterkompleks i Isenheim, en landsby ca. 15 miles syd for Colmar. Denne polyptychon, som prydede højalteret i klostrets hospitalskapel indtil den franske revolution, blev bestilt af Guy Guers, der fungerede som institutionens præceptor fra 1490 til 1516.
Et af klostrene i Isenheim, der blev grundlagt omkring 1300, tilhørte Sankt Antoniusordenen, som var blevet grundlagt i Dauphiné-regionen i Frankrig i det 11. århundrede. Antoniterordenens munke tog sig af ofrene for Sankt Antonius’ brand, en forfærdelig sygdom, der var almindelig i middelalderen. Man ved i dag, at årsagen til denne ulykke var en forgiftning forårsaget af en svamp (ergot), der vokser på ruggræs og dermed forurener det rugmel, der bruges til at lave brød. Ergot indeholder et kemisk stof, der gør ofrene gale og medfører koldbrand i hænder og fødder på grund af forsnævring af blodgennemstrømningen til ekstremiteterne. For at pleje de syge serverede antonitterne dem brød af god kvalitet og lod dem drikke en blanding kaldet saint vinage, en hellig vin, hvori munkene først havde udblødt en særlig blanding af urter og derefter lagt relikvierne af Sankt Antonius i blød. De fremstillede også en salve af urter med antiinflammatoriske egenskaber.
Lidt efter lidt erhvervede munkene i Isenheim en rig samling af kunstværker, der var bestilt og finansieret af klosteret, hvoraf en af dem var denne altertavle. Det blev opbevaret på denne religiøse institution indtil revolutionen, hvorefter det i 1792 blev overført til den lokale afdeling af det franske nationalbibliotek for at blive opbevaret i sikkerhed. I 1852 blev det flyttet til kapellet i det tidligere dominikanerkloster Unterlinden i Colmar og blev den vigtigste skat i det museum, der blev oprettet på det tidspunkt, og det har siden da aldrig holdt op med at betage og betage besøgende.