Et tidligt eksempel på et hypogeum er fundet på det minoiske bronzealdersted Knossos på Kreta. Hogan bemærker, at denne underjordiske hvælving havde form som en bikube og var skåret ind i den bløde klippe. Ħal Saflieni Hypogeum i Paola, Malta, er det ældste eksempel på et forhistorisk hypogeum, og den tidligste fase dateres til 3600-3300 f.Kr. Det er et kompleks af underjordiske kamre, haller og gange på ca. 500 m2 i tre niveauer, som delvis er udskåret for at efterligne tempelarkitektur og indeholder omfattende forhistorisk kunst. I Larnaka på Cypern blev Lefkaritis-graven opdaget i 1999.
Hypogea blev også fundet i det dynastiske Egypten, f.eks. ved den nordlige Mazghuna-pyramide, den sydlige Mazghuna-pyramide og den sydlige sydlige Saqqara-pyramide. Hypogea i det antikke Palmyra indeholdt loculi lukket med plader med skulpturelle portrætrelieffer og sarkofager med skulpturelle familiebanketscener på deres låg.
De senere kristne byggede lignende underjordiske helligdomme, krypter og grave, som de kaldte katakomber. Men dette var kun en forskel i navnet, snarere end i formål og ritualer, og arkæologisk og historisk forskning viser, at de i realiteten var de samme. Werner Jacobsen skrev:
Lige andre ambitiøse romere blev biskop-helgener fra det tredje og fjerde århundrede som regel begravet i hypogea på kirkegårdene uden for deres byers mure; ofte var det kun mirakler ved deres grave, der fik deres efterfølgere til at vedtage mere tidssvarende udformninger. I Dijon blev helgenen og biskoppen Benignus (død ca. 274) begravet i en stor sarkofag i et kammergravkammer på den romerske kirkegård. I det sjette århundrede var graven for længst gået i forfald og blev betragtet som hedensk, selv af biskop Gregor af Langres.