Henrys Lake-udløbet er udsat for betydelige vandafledninger fra kunstvanding i løbet af sommeren. Sidst på sæsonen, når nedtrapningerne falder med det køligere vejr, frigives der mere vand i vandløbet, hvilket giver fisk mulighed for at bevæge sig op fra den nederste del af floden. The Nature Conservancy sponsorerer en læringsstation nær udløbsbækken.
Syd for søen ved Big Springs strømmer næsten 500.000 US gallon (1.900 m3) konstant 11 °C (52 °F) vand ud i floden hver dag. Floden løber sydpå gennem et højslette i det nordlige Fremont County, gennem Caribou-Targhee National Forest og passerer gennem Island Park Reservoir. Den kommer ud af reservoiret og løber gennem en kløft, der munder ud i en bred, flad eng i Island Park Caldera i det centrale Fremont County. Floden løber langsomt forbi byen Island Park, gennem Harriman State Park, der også er kendt som “Railroad Ranch”, og strømmer derefter hurtigt nedad, når den nærmer sig calderaens væg, hvor den løber over både Upper Mesa og Lower Mesa Falls og kommer ud af bjergene på Snake River Plain nær Ashton. Den flyder mod sydvest over sletten, forbi St. Anthony og deler sig i flere kanaler i et bredt indlandsdelta nord for Rexburg. Den modtager Teton River fra øst ca. 8,0 km vest for Rexburg. Den løber sammen med Snake River fra nordøst ca. 16 km sydvest for Rexburg, lige under 1.463 m.
Island Park Reservoir, der er en del af Minidoka-projektet, bruges til kunstvanding på Snake River Plain. Dets afvanding giver et af de vigtigste regnbueørredfiskerier i Idaho med hensyn til levesteder, fiskebestande og brug af lystfiskere. Den del af floden, der ligger mellem Henry’s Lake og Big Springs, er et vigtigt gydeområde for ørreder og er lukket for fiskeri.
Henrys Fork har længe været kendt for sit fremragende fiskeri, især for sit tørfluefiskeri. Bing Lempke, en rørlægger fra det nærliggende Idaho Falls, blev anset for at være den lokale dekan for fiskeriet, indtil han døde i 1990.