I 1959 overtog William Morgan fra Morgan Marine, en bådebygger fra Silver Bay ved Lake George i New York, navnet Hacker-Craft med det formål at genoplive virksomhedens historiske arv.
Morgan Marine foretog betydelige strukturelle og tekniske ændringer. Brugen af nye teknologier, som Hacker ikke havde adgang til, gjorde det muligt at forbedre bådene på nogle få subtile, men vigtige måder. Hvor Hacker havde brugt motorer på 110 hk (82 kW), var Morgan Marine i stand til at drive disse skrog med Crusader-motorer på 350 hk (260 kW) eller 454 hk (339 kW), der kunne overskride 80 miles i timen. For at få plads til disse forbedrede motorer måtte Morgan Marine gøre understøtningerne stærkere end dem, der blev brugt i de oprindelige designs. Morgans største bedrift var imidlertid at forbedre Hacker Crafts’ håndtering. Hvis de gamle Hackers blev kørt ved højeste hastighed, kunne stævnen hæve sig op og blokere førerens udsyn. Ved at omarbejde bunddesignet sikrede Morgan, at båden ville forblive mere vandret i vandet.
På dette tidspunkt var mange af de oprindelige jigs gået tabt, og hvor det var nødvendigt, lavede de nye sandstøbninger til hardwaren. Mens Morgan bevarede det meste af det traditionelle håndværk, foretog han flere væsentlige forbedringer i forhold til de gamle planer som indrømmelser til teknologiens fremskridt: dobbelt udstødning i stedet for den oprindelige enkeltudstødning for at forbedre motorens ydeevne, brug af rustfri stålbeslag og hardware overalt, således at pitting ikke længere var et problem, moderne epoxyindkapsling og limningsteknikker, treplankede bundstykker, der er fuldstændig indkapslet i epoxy; dobbeltplankerede sider og dæk mættet i epoxy; 25 % flere rammer; dobbelt så mange gulvbjælker; op til 18 lag lak; brug af Honduras-mahogni med vedvarende ressourcer; ny forbedret styring for større manøvredygtighed; og laminerede forruder med enten blå eller grønne nuancer.
I 2004 købte Robert Wagemann virksomheden af William Morgan. I 2008 erhvervede George Badcocks Erin Investments en majoritetsinteresse i selskabet fra Robert Wagemann. Efterfølgende åbnede virksomheden et produktionsanlæg på 32.000 kvadratmeter i Ticonderoga og flyttede produktionen dertil fra Silver Bay for at øge kapaciteten. I 2011 opnåede Erin Investments det fulde ejerskab af virksomheden.
I tillæg til det nye produktionsanlæg blev virksomhedens hovedkvarter ved Lake George, hvor der også ligger en marina med fuld service, opgraderet med et nyt showroom med plads til at udstille fire både. Hovedkvarterets kontorer og alle lager- og servicebygninger blev repareret/renoveret. Campusområdet blev anlagt og parkeringsområderne opgraderet.
I 2011 blev Hacker-Craft set i tv- og katalogoptagelser for Marks & Spencer (UK), Tommy Hilfiger og Nautica.
I 2011 blev den specialdesignede Neiman Marcus Edition Hacker-Craft udvalgt som en “fantasi-gave” i det legendariske Neiman Marcus julebogskatalog.
I 2012 resulterede et partnerskab med Tommy Bahama i en specialdesignet model, Tommy Bahama Edition Hacker-Craft (TBE).
I 2015 introducerede virksomheden en limousine yachttender og udpegede Sierra Boat Company på Lake Tahoe, Nevada, og Wawasee Boat Company i Syracuse, Indiana, som autoriserede repræsentanter.
I 2017 udpegede virksomheden det thailandske Classic Boats Lifestyle, Ltd., der er baseret i Thailand. (CBL) som officiel lagerforhandler.
I 2019 optrådte en Hacker Craft-båd i et afsnit af anden sæson af Netflix’s Ozark.