Digtet Flannan Isle citeres af Tom Baker som Doktoren i slutningen af Doctor Who-historien Horror of Fang Rock, der udspillede sig på et fyrtårn og indeholdt en fremmed forklaring på den tragedie, der ramte de tre vagter der og de overlevende fra et skibsvrag.
På albummet Chansons des mers froides (Sange fra de kolde have) fra 1994 bearbejdede den franske producer Hector Zazou et uddrag af digtet Flannan Isle som en sang med titlen The Lighthouse (Fyrtårnet). Hovedvokalen blev fremført af Siouxsie Siouxsie Siouxsie fra Siouxsie and the Banshees, og backing vocals blev leveret af en kvindelig Nanai-shaman.
The Genesis-sangen The Mystery of Flannan Isle Lighthouse (på Archive 1967-75) er baseret på hændelsen, ligesom operaen The Lighthouse af Peter Maxwell Davies.
Romanen Some Strange Scent of Death af Angela J. Elliott tager sit navn fra en linje i digtet og fortæller om fyrtårnets forsvinden.
Hovedhistorien i videospillet Dark Fall II: Lights Out indeholder personer og steder, der er relateret til hændelsen.
Den skotske thrillerfilm The Vanishing fra 2018 foregår på Flannan Isles.