Lagring af FFPE-væv
FFPE-prøver kan opbevares på hospitaler, biobanker og forskningscentre. Opbevaringsfaciliteterne fører ofte optegnelser over, hvordan vævet er blevet indsamlet, konserveringsprocedurerne og demografiske oplysninger (såsom, men ikke begrænset til: donors oprindelse, varighed, alder, etnicitet, køn og sygdomsstadie). De demografiske oplysninger er en vigtig faktor i forskning og i kliniske forsøg. FFPE-prøver, der er korrekt opbevaret, er meget værdifulde og kan opbevares ved stuetemperatur i lang tid.
Anvendelser
FFPE-prøver er vigtige, da de ofte anvendes til:
a) Immunohistokemi
De snittede FFPE-prøver monteres på et objektglas, bades i en opløsning, der indeholder antistoffer, og farves derefter, så de kan ses tydeligere. Denne metode er vigtig for læger og forskere, der leder efter patologi i vævet, f.eks. Alzheimers eller kræft.
b) Onkologi
FFPE-prøver er vigtige inden for onkologi, da tumorvæv har karakteristiske morfologier, der gør det muligt for forskere at lede efter bestemte proteiner. Disse proteiner bruges derefter til at hjælpe med at vurdere behandling og diagnose.
c) Hæmatologi
I studiet af blod og dets sygdomme er FFPE-prøver vigtige for at fastslå anomalier og opdage helbredelsesmetoder. Prøverne kan bruges i undersøgelser i forbindelse med vævsregeneration, genetik og toksikologi.
d) Immunologi
FFPE-prøver fra en donor med autoimmun sygdom hjælper med at bestemme årsagen og udvikle terapi for tilstanden.
Komplikationer eller begrænsninger
En af de mulige begrænsninger ved fikseringsprocessen med formalin er den potentielle denaturering af de proteiner, der er til stede i vævet, hvilket gør dem uopsporbare for antistoffer. For at kompensere for dette problem blev der udviklet teknikker til antigenudtagning. Ved hjælp af antigenudtagningsteknikken kan man specifikt genvinde DNA, RNA og proteiner fra FFPE-prøver. For at denne metode kan fungere, er det afgørende, at FFPE-prøverne er af høj kvalitet. Der er også det problem, at der ikke findes nogen standardprocedure, der skal anvendes i den præanalytiske behandling, f.eks. fiksering og DNA-isolering. Det betyder, at mindre forskelle som f.eks. forskellig brug af instrumenter, prøvehåndtering og metodologi kan resultere i variationer, der påvirker kvaliteten af DNA- og undersøgelsesresultaterne. Nogle af de faktorer, der har vist sig at påvirke undersøgelsesresultater fra FFPE-prøver, er følgende:
-
Upræcis logning af fikseringsprotokol
-
Variation i fikseringstid
-
Temperatur under fiksering
-
Lagringsforhold for FFPE-prøver
Kvalitetskontrol
For at sikre den højeste kvalitet af FFPE-prøver, bør de, der indsamler og opbevarer disse prøver:
-
Følge etiske og juridiske standarder.
-
Holde en klar og præcis registrering af donorer.
-
Giv oplysninger om prøvetagnings- og indsamlingsprocessen
-
Vær under tilsyn af en autoriseret patolog under indsamling af prøver
-
Har en komplet kæde af opbevaring
-
Arbejder kun med et nøje udvalgt netværk af distributører, der konsekvent leverer prøver af høj kvalitet og nøjagtighed
Frisk frosset væv
Frisk frosset væv er prøver, der er konserveret ved hjælp af flydende nitrogen ved hjælp af en metode kendt som “lynfrysning”. Disse prøver opbevares derefter i en fryser, der er indstillet på en temperatur på under -80 grader Celsius. Friskfrosset væv har andre anvendelsesmuligheder end FFPE-prøver, da de også kan bruges til native morfologiske undersøgelser eller molekylær analyse.
FFPE-prøver vs. friskfrosset væv
FFPE og friskfrosset væv har deres fordele og ulemper. Det er to forskellige typer prøver, der har forskellige anvendelsesmuligheder afhængigt af kravene i forbindelse med forskningen eller den kliniske undersøgelse.
-
FFPE-blokke er meget hårde og kan nemt opbevares ved stuetemperatur i årtier uden behov for særligt udstyr, hvilket gør denne type vævsprøve meget omkostningseffektiv.
-
Der er et stort arkiv af FFPE-prøver til rådighed for forskere på grund af den lethed, der er forbundet med opbevaringen.
-
FFPE-prøver har været anvendt i årtier, hvilket gør dem utroligt velkendte for patologer.
-
Frisk frosset væv er meget mere velegnet til analyse af native proteiner, polymerasekædereaktion og næste generations DNA-sekventering.
-
Frisk frosset væv sikrer bevarelse af DNA, RNA og native proteiner.
-
Frisk frosset væv kræver specialiseret udstyr til opbevaring. Det betyder, at mekaniske fejl, strømafbrydelser og skødesløshed kan påvirke prøvernes kvalitet.
1) Ward T. The importance of proper formalin fixation of FFPE samples. Personalis. Tilgået 19/6/2018. https://www.personalis.com/importance-proper-formalin-fixation-ffpe-specimens/
2) Doiron L. 5 kvalitetskontrolregler for kræftvævsbanker. Folio Conversant. Tilgået 6/19/2018. http://www.conversantbio.com/blog/bid/339034/5-Quality-Control-Rules-for-Cancer-Tissue-Banks
3) FFPE vs. frosne vævsprøver. BioChain. Tilgået 6/19/2018. https://www.biochain.com/general/ffpe-vs-frozen-tissue-samples/
4) Hvad er FFPE-væv, og hvad er dets anvendelsesmuligheder. BioChain. Tilgået 6/19/2018. https://www.biochain.com/general/what-is-ffpe-tissue/