ApE er en proprietær sekvenseditor, der anvender et modificeret GenBank-format til at gemme sekvenser. Softwaren kan bruges til samling af sekvenseringsspor, virtuelle digests, sekvensannotation og skematisk sekvensrepræsentation. Det blev skabt og vedligeholdes af Wayne Davis fra University of Utah. Den nuværende stabile version er 1.17 fra juni 2010, og softwaren kører på Windows, Mac og Unix. Softwaren er gratis, men donationer opfordres.
Features
OS, dataformat
- kører på Windows, OS X og Linux/Unix
- importerer DNA Strider, Fasta, Genbank, EMBL og ABI-sekvensspor
- gemmer data i et modificeret Genbank-filformat (DNA Strider-kompatibelt)
- eksporterer BankIt-funktionstabel til sekvensindsendelse til NCBI GenBank
- eksporterer grafiske filer af sekvensdiagrammer
Sequence markup and tools
- pre-eksisterende ekspanderbare funktionstabeller, som kan bruges til automatisk annotation
- sekvenssøgning, e.f.eks. efter primere, prober eller restriktionssteder
- restriktionssteder og regionsmarkering i sekvens og i en simpel tegneserie
- viser oversættelse, Tm, %GC, ORF af udvalgt DNA
- BLAST udvalgt sekvens på NCBI eller wormbase
- virtuel digest inklusive geldiagram
Forfatteren er meget lydhør og integrerede en BankIt eksportmulighed, som jeg foreslog, inden for få dage. –JS 05:50, 30. juni 2010 (EDT)
Der er en alvorlig fejl, der påvirker justeringsfunktionen i de seneste versioner af ApE (jeg er stødt på den i mindst 2.0.39 – 2.0.45, kan påvirke alle 2.0.X-versioner?), der er udgivet i løbet af de sidste ~12 måneder, herunder den aktuelle version (2.0.45). I nogle tilfælde, hvor sekvenserne adskiller sig fra hinanden med et enkelt basepar indel, er den af ApE udførte alignment ukorrekt, og de mismatchende rester er ikke markeret med rødt som forventet. Dette kan gøre det meget let at overse små deletioner, når du kontrollerer dine sekventeringsdata i forhold til den forventede sekvens. Dette skulle være korrigeret i den endnu ikke frigivne version 2.0.46. Se fejlrapport her (“Misalignment of sequences with indels (sometimes)”). Brug med forsigtighed! –Damian Ekiert 12:19, 22. februar 2013 (EST). Den nuværende version, v2.0.46, har ikke dette problem, siger fejlrapport — JM 9/2013
Link til ApE-hjemmesiden
- ApE plasmid editor-hjemmeside & downloads
- ApE-wiki for spørgsmål, svar, anmodninger om funktioner, fejlrapporter osv.
- Download seneste preview-versioner (alphas)
Se også
- ApE-review på softpedia
- An OWWW tutorial using ApE
- Wikiomics:Bioinfo tutorial#DNA sequence processing
- Biosoftware til Mac
- Sequence analysis