Hele det, der nu er Allston, var en del af Brighton. I 1807 blev byen adskilt fra Cambridge. Allston har aldrig eksisteret som en selvstændig politisk enhed i sin egen ret. Brighton blev indlemmet i byen Boston i 1874. I 1868 blev der oprettet et nyt postkontor og en ny jernbanelinje i den vestlige del af Brighton. De fik navnet Allston efter Allston Washington, en maler, der havde boet og arbejdet på den anden side af Charles River i Cambridgeport-afsnittet i Cambridge.
Allston fik hurtigt fremgang takket være kvægavl og opførelsen af jernbanen. Ranchdriften ophørte dog i midten af det 20. århundrede. Allston er kendt som et af de få samfund i USA, der er opkaldt efter en kunstner.
The Boston Patriots (nu New England Patriots) fra National Football League spillede én sæson i Allston (i 1970) på Harvard Stadium. Boston Braves spillede på Braves Field (nu Boston University Nickerson Field) fra 1915 til 1952.