En time efter at det ikke lykkedes at nå frem til Montana, blev “Operation Mike”, opkaldt efter flyets kommandør First Lt. Kyle L. McMichael, blev iværksat, et eftersøgnings- og redningsprogram, der kombinerede op til 85 amerikanske og canadiske fly samt 7.000 mand, der gennemsøgte 350.000 kvadratkilometer i det nordvestlige Stillehavsområde. Eftersøgningen blev hjulpet af det faktum, at soldater og udstyr allerede var blevet transporteret nordpå til den kommende øvelse Sweetbriar, et fælles canadisk-amerikansk krigsspilsscenarie. Fortsættelsen af operationen forvirrede eftersøgerne og gav mange falske positive rapporter om røgsignaler, forvrænget kommunikation og observationer af “overlevende”.
Den 30. januar gik en C-47, Air Force serienummer 45-1015 fra 57th Fighter Wing, der havde deltaget i eftersøgningen, i stå og styrtede ned i McClintoc-bjergene nær Whitehorse. Besætningsmedlemmerne blev såret, men der var ingen dødsofre. Piloten gik 13 km til Alaska Highway og flagede en lastbil for at tilkalde støtte til sine 5-8 besætningsmedlemmer.
Den 2. februar blev det rapporteret, at to fly og to radiostationer i Yukon-området havde hørt uforståelige radiosignaler, men forsøg på at “fastsætte” positionen var forgæves. Ligeledes havde en isoleret bosætter rapporteret, at han havde set et stort fly over sin hytte ved Beaver Lake i det indre af British Columbia, der ligger 500 miles syd for Yukon-grænsen-250 miles nord for Vancouver og 200 miles vest for Alaska Highway-luftruten.
Den 7. februar styrtede en C-47D, 45-1037, fra Eielson Air Force Base, der var ansat på eftersøgningen af 5010th Wing, ned på en bjergskråning syd for Aishihik Lake. Der var ti besætningsmedlemmer om bord, men der var ingen omkomne. Den 16. februar styrtede en C-47 fra Royal Canadian Air Force, KJ-936, ned nær Snag. Igen blev de fire besætningsmedlemmer kun let kvæstet. Senere ville dens vragdele midlertidigt blive forvekslet med den forsvundne C-54.
Operationen blev suspenderet på ubestemt tid den 14. februar, da man havde brug for eftersøgningsflyene til at undersøge nedstyrtningen af en B-36, der havde haft en Mark 4 atombombe med sig, selv om denne bombe ikke havde en radioaktiv kerne.