ApE é um editor de sequências proprietário usando um formato GenBank modificado para salvar sequências. O software pode ser usado para montagem de traços de seqüências, digitação virtual, anotação de seqüências e representação de seqüências esquemáticas. Ele foi criado e é mantido por Wayne Davis da Universidade de Utah. A versão estável atual, a partir de junho de 2010, é 1.17 e o software roda em Windows, Mac, e Unix. O software é gratuito, mas as doações são encorajadas.
Características
SO, formato de dados
- roda em Windows, OS X e Linux/Unix
- importa DNA Strider, Fasta, Genbank, Traços de sequência EMBL e ABI
- grava dados num formato modificado de ficheiro Genbank (compatível com DNA Strider)
- exporta tabela de características BankIt para submissão de sequência ao BCNI GenBank
- exporta ficheiros gráficos de diagramas de sequência
Marcação de sequência e ferramentas
- pre-tabelas de características expansíveis existentes que podem ser usadas para anotação automática
- pesquisa de sequências, e.g. para primers, sondas ou sítios de restrição
- sítios de restrição e marcação da região em sequência e num cartoon simples
- mostra tradução, Tm, %GC, ORF do ADN seleccionado
- BLAST sequência seleccionada no NCBI ou na base de texto
- digestãovirtual incluindo diagrama em gel
O autor é muito reactivo e integrou uma opção de exportação BankIt, sugeri, dentro de poucos dias. –JS 05:50, 30 de Junho de 2010 (EDT)
Há um erro grave que afecta a função de alinhamento nas versões recentes do ApE (encontrei-o em 2.0.39 – 2.0.45 pelo menos, pode afectar todas as versões 2.0.X?) lançadas nos últimos ~12 meses, incluindo a versão actual (2.0.45). Em alguns casos em que as sequências diferem por um único par de base indel, a saída de alinhamento pelo ApE está incorrecta e os resíduos de desencontro não são destacados a vermelho, como esperado. Isto pode fazer com que seja muito fácil perder pequenas eliminações ao verificar os seus dados de sequenciação em relação à sequência esperada. Isto deve ser corrigido na versão 2.0.46 ainda a ser lançada. Veja relatório de erros aqui (“Desalinhamento de seqüências com indels (às vezes)”). Use com cautela! –Damian Ekiert 12:19, 22 de Fevereiro de 2013 (EST). A versão atual, v2.0.46, não tem esta edição, diz relatório de bug — JM 9/2013
Links para a página inicial do ApE
- Página inicial do editor plasmid do ApE & downloads
- Wiki do ApE para perguntas, respostas, pedidos de características, relatórios de bugs, etc.
- Baixar as últimas versões de visualização (alphas)
Veja também
- Avaliação de ApE em softpedia
- Um tutorial OWWW usando ApE
- Wikiomics:Bioinfo tutorial#Tutorial de processamento de sequência DNA
- Biosoftware para Mac
- Análise de sequência