Tudo o que é agora Allston fazia parte de Brighton. Em 1807 a cidade separou-se de Cambridge. Allston nunca existiu como uma entidade política separada por direito próprio. A cidade de Brighton foi anexada à cidade de Boston em 1874. Em 1868, uma nova estação de correios e uma nova linha ferroviária foram criadas na parte ocidental de Brighton. Eles foram nomeados Allston, depois de Allston Washington, um pintor que viveu e trabalhou através do rio Charles na seção Cambridgeport de Cambridge.
Allston prosperou rapidamente através da criação de gado e da construção da ferrovia. No entanto, a pecuária terminou em meados do século 20. Allston é conhecida como uma das poucas comunidades nos Estados Unidos com o nome de um artista.
O Boston Patriots (agora o New England Patriots) da Liga Nacional de Futebol jogou uma temporada em Allston (em 1970), no Estádio de Harvard. Os Boston Braves jogaram no Braves Field (agora Nickerson Field da Universidade de Boston) de 1915 a 1952.