En marzo de 2004, cuatro subespecies del zorro isleño fueron clasificadas como especie en peligro de extinción con protección federal: el zorro isleño de Santa Cruz, el zorro isleño de Santa Rosa, el zorro isleño de San Miguel y el zorro isleño de Santa Catalina. A partir de 2013, la UICN clasifica a toda la especie como casi amenazada, lo que supone una mejora respecto a su estado anterior de «en peligro crítico». En la década de 1990 se identificó un declive en las poblaciones de zorro isleño. En la isla de San Miguel, el declive comenzó en 1994, y la población pasó de 450 adultos a 15 en 1999. En la isla de Santa Cruz se descubrieron descensos poblacionales similares. En la isla de Santa Cruz la población disminuyó de 2.000 adultos en 1994 a menos de 135 en 2000, y en la isla de Santa Rosa, donde los zorros pueden haber sido más de 1.500 en 1994, pero se redujeron a 14 animales en 2000. En 2004, había 38 zorros en la isla de San Miguel, todos ellos en cautividad; 46 zorros en cautividad en la isla de Santa Rosa y siete en libertad (la depredación del águila real impidió la liberación de zorros en cautividad en la naturaleza); la isla de Santa Cruz tenía 25 zorros en cautividad y una población silvestre estable de unos 100 zorros.
La depredación del águila real, descubierta cuando los zorros fueron radiomarcados y monitorizados, resultó ser la causa de las altas tasas de mortalidad. El águila real era un visitante poco común en las Islas del Canal antes de la década de 1990, según los datos recogidos por el Dr. Lyndal Laughrin de la Reserva de la Isla de Santa Cruz de la Universidad de California, y el primer nido de águila real se registró en la Isla de Santa Cruz en 1999. Los biólogos proponen que el águila puede haber sido atraída a las islas en la década de 1960 tras el declive del águila calva. El águila real sustituyó al águila calva y comenzó a alimentarse de cerdos asilvestrados tras la devastación de la población local de águilas calvas debido a la exposición al DDT en la década de 1950; el águila calva habría disuadido al águila real de establecerse en las islas mientras se alimentaba de peces.
Los cerdos asilvestrados de Santa Rosa fueron exterminados por el Servicio de Parques Nacionales a principios de la década de 1990, lo que eliminó una de las fuentes de alimentación del águila real. El águila real comenzó entonces a depredar la población de zorros de la isla. Los cerdos asilvestrados de la isla de Santa Cruz y los ciervos y alces de la isla de Santa Rosa se introdujeron casi 70 años antes del declive de los zorros isleños, por lo que lo más probable es que el águila real no buscara estos animales como presa alternativa. Esto ha ocurrido muy probablemente como resultado de un proceso conocido como competencia aparente: en este proceso, un depredador, como el águila real, se alimenta de al menos dos presas, por ejemplo, el zorro isleño y los jabalíes. Una de las presas está adaptada a una alta presión de depuración y mantiene la población del depredador (es decir, los cerdos), mientras que la otra presa (es decir, el zorro isleño) está poco adaptada a la depuración y disminuye como consecuencia de la presión de depuración. También se ha propuesto que la eliminación completa de las águilas reales puede ser la única acción que podría salvar de la extinción a tres subespecies del zorro isleño. Sin embargo, los cerdos de la isla de Santa Cruz fueron sacrificados por Nature Conservancy con la idea de que atraían a las águilas hacia los zorros.
Las enfermedades o parásitos introducidos pueden devastar las poblaciones de zorro isleño. Debido a que el zorro isleño está aislado, no tiene inmunidad a los parásitos y enfermedades que se traen del continente y son especialmente vulnerables a las que puede transmitir el perro doméstico. Un brote de moquillo canino en 1998 mató aproximadamente al 90% de los zorros de la isla de Santa Catalina, reduciendo la población de 1.300 a 103 en 2000. Se ha iniciado un programa de vacunación para proteger a los zorros de la Isla Catalina del moquillo canino. Tras varios años de atrapar cuidadosamente a los zorros y vacunarlos contra el moquillo y la rabia, su población ha alcanzado los 1.717 ejemplares en 2015, superando la población anterior a la enfermedad, que era de unos 1.300. Los científicos creen que el virus del moquillo fue introducido por un perro de compañía o un mapache del continente que se subió a un barco o una barcaza. Para eliminar el riesgo de enfermedad, no se permite la presencia de animales domésticos en el Parque Nacional de las Islas del Canal.
La disminución del suministro de alimentos y la degradación general del hábitat debido a la introducción de especies de mamíferos, como gatos asilvestrados, cerdos, ovejas, cabras y bisontes americanos, este último introducido en la Isla Catalina en la década de 1920 por un equipo de rodaje de una película del Oeste de Hollywood, también ha tenido un efecto negativo en las poblaciones de zorros.
Los zorros amenazan a una población del alcaudón caguama de la isla de San Clemente, en grave peligro de extinción, que reside en la isla de San Clemente. La población de zorros de la isla se ha visto afectada negativamente por la captura y eliminación o eutanasia de zorros por parte de la Marina de los Estados Unidos. Desde el año 2000, la Marina ha empleado diferentes estrategias de gestión: atrapar y retener a los zorros durante la temporada de cría del alcaudón, la instalación de un sistema de vallas eléctricas alrededor de los hábitats del alcaudón y el uso de sistemas de collares de choque. Con la recuperación gradual de la población de alcaudones en la isla de San Clemente, la Marina ya no controla a los zorros.
Las poblaciones de zorros de la isla de Santa Cruz, de la isla de San Miguel y de la isla de Santa Rosa se han recuperado de forma espectacular desde los mínimos alcanzados en el año 2000 de 70 zorros en Santa Cruz y 15 en las islas de San Miguel y Santa Rosa. La Catalina Island Conservancy dirige un programa de cría en cautividad en la isla Catalina. El 14 de septiembre de 2012, el Servicio de Pesca y Vida Silvestre de Estados Unidos publicó un proyecto de plan de recuperación para el zorro de la isla de San Miguel, el zorro de la isla de Santa Rosa, el zorro de la isla de Santa Cruz y el zorro de la isla de Santa Catalina. En 2012, Catalina Island Conservancy determinó que había 1.500 zorros de la isla de Santa Catalina y que la población era estable. En 2015, había 520 zorros autóctonos en San Miguel y 874 en Santa Rosa, según el grupo Friends of the Island Fox. El número de zorros en la isla de Santa Cruz había aumentado a 1.750. El Servicio de Pesca y Vida Silvestre de EE.UU. recomendó excluir de la lista a los zorros de las islas Santa Cruz, San Miguel y Santa Rosa en un gran éxito de la Ley de Especies en Peligro. Sin embargo, recomiendan que la isla de Santa Catalina sea reclasificada de en peligro a amenazada, debido a la amenaza de enfermedades en esta isla tan visitada.
Otras dos subespecies en San Nicolás y San Clemente no están en peligro. Había 263 zorros en San Nicolás y 1.230 en San Clemente.
Debido a que las Islas del Canal son casi en su totalidad propiedad y están controladas por Catalina Island Conservancy, The Nature Conservancy o el gobierno federal, el zorro tiene la oportunidad de recibir la protección que necesita, incluida la supervisión constante por parte de los funcionarios interesados sin la amenaza continua de la invasión humana en su hábitat.
El zorro no persistió en la isla de Anacapa porque no tiene una fuente fiable de agua dulce; la isla de Santa Bárbara es demasiado pequeña para mantener las necesidades alimentarias de una población de zorros viable.
Rene Vellanoweth, arqueólogo, cree que la depresión por endogamia puede gestionarse mezclando las diferentes poblaciones de subespecies de zorro de la isla de forma muy parecida a como lo hacían los pueblos indígenas, trasladándolas de una isla a otra, creando una mayor diversidad genética y ayudándolas a recuperarse.