En las zonas donde no se practica el riego, las diferentes zonas de vida vegetal pueden dividirse a grandes rasgos según la cantidad de lluvia.
La selva tropical se encuentra a lo largo de la división Nilo-Congo, en partes de la meseta de los lagos y en el suroeste de Etiopía. El calor y las abundantes precipitaciones producen espesos bosques con una gran variedad de árboles y plantas tropicales, como el ébano, el plátano, el caucho, el bambú y el arbusto del café. La mezcla de bosques y pastizales (sabana), caracterizada por un crecimiento escaso de árboles de follaje fino de mediana altura y una cubierta de hierbas perennes en el suelo, se da en grandes partes de la meseta de los lagos, en partes de la meseta etíope, en la zona que bordea el Nilo Azul cerca de Al-Ruṣayriṣ y en la región meridional del río Al-Ghazāl.
En las llanuras sudanesas, prevalece una mezcla de arbustos finos, árboles espinosos y pastizales abiertos. Esta zona es pantanosa durante la estación de las lluvias, sobre todo en la región de Al-Sudd, en el centro de Sudán del Sur, que tiene una superficie de casi 160.000 kilómetros cuadrados. La vegetación incluye papiros, hierbas altas parecidas a los bambúes, carrizo o turor, lechuga de agua, una especie de convólvulo y el jacinto de agua sudamericano.
Al norte de la latitud 10° N hay un cinturón de sabana espinosa o país de arbustos de huerta caracterizado por pequeños rodales de árboles dispersos, arbustos espinosos y, después de las lluvias, hierbas y pastos. Sin embargo, al norte, las precipitaciones disminuyen y la vegetación se adelgaza, de modo que el campo está salpicado de pequeños arbustos espinosos, en su mayoría acacias. Desde Jartum hacia el norte hay un verdadero desierto, con precipitaciones escasas e irregulares y sin vegetación permanente, salvo algunos arbustos achaparrados. Después de las lluvias, pueden aparecer hierbas y pequeños arbustos dispersos a lo largo de las líneas de drenaje, pero éstos mueren en pocas semanas. En Egipto, la vegetación cerca del Nilo es casi totalmente el resultado de la irrigación y el cultivo.
En el sistema del Nilo se encuentran muchas variedades de peces. Entre los que se encuentran en el sistema del bajo Nilo destacan la perca del Nilo (que puede alcanzar un peso de más de 175 libras), el bolti (una especie de Tilapia), el barbo, varias especies de pez gato, el pez hocico de elefante y el pez tigre o leopardo de agua. La mayoría de estas especies, así como el Haplochromis sardinero, el pez pulmón y el pez de fango, se encuentran hasta el lago Victoria. La anguila común penetra hasta el sur de Jartum, y la anguila espinosa se encuentra en el lago Victoria.
Pintado especialmente para la Encyclopædia Britannica por Tom Dolan, bajo la supervisión de Loren P. Woods, Chicago Natural History Museum
El cocodrilo del Nilo, que se encuentra en la mayor parte del río, aún no ha penetrado en los lagos de la cuenca superior del Nilo. Otros reptiles que se encuentran en la cuenca del Nilo son la tortuga de caparazón blando, tres especies de lagarto monitor y unas 30 especies de serpientes, de las cuales más de la mitad son venenosas. El hipopótamo, antaño común en todo el sistema del Nilo, ahora sólo se encuentra en la región de Al-Sudd y en el sur.
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Muchos de los bancos de peces que se alimentaban en las aguas del Nilo en Egipto durante la época de crecidas se han reducido o han desaparecido desde la construcción de la Alta Presa de Asuán. La mayoría de las especies de peces del Nilo eran migratorias, y la presa ha impedido que muchas migren al lago Nasser. La disminución del número de anchoas en el Mediterráneo oriental también se ha atribuido a la grave reducción del flujo de salida de nutrientes del agua debido a la presa. Sin embargo, el lago Nasser se ha convertido en una pesquería comercial, donde prosperan la perca del Nilo y otras especies.