TAIR – Acerca de Arabidopsis

Acerca de Arabidopsis

• Resumen
• Historia de Arabidopsis thaliana
• Nombres comunes para una hierba poco común.
• Distribución geográfica de los ecotipos y la historia de algunas cepas «de laboratorio» favoritas.
• Estados de crecimiento de Arabidopsis y cronología de los acontecimientos
• 101 maneras de cultivar Arabidopsis
• El papel y la importancia de Arabidopsis como organismo modelo
• Instantánea del genoma
• Libros sobre Arabidopsis y métodos en la investigación de Arabidopsis
• Línea de tiempo de los principales acontecimientos en la investigación de Arabidopsis

Resumen Arabidopsis thaliana es una pequeña planta con flores que se utiliza ampliamente como organismo modelo en biología vegetal. Arabidopsis es un miembro de la familia de la mostaza (Brassicaceae), que incluye especies cultivadas como la col y el rábano. Arabidopsis no tiene gran importancia agronómica, pero ofrece importantes ventajas para la investigación básica en genética y biología molecular. Haga clic en el enlace al Navegador de Taxonomía del NCBI para ver la taxonomía de Arabidopsis o ver las Brassicaceae. También está disponible una entrada en Wikipedia. Algunas estadísticas útiles: Se ha secuenciado un genoma pequeño (114,5 Mb/125 Mb en total) en el año 2000 (SequenceViewer, AGI). Amplios mapas genéticos y físicos de los 5 cromosomas (MapViewer). Un ciclo de vida rápido (unas 6 semanas desde la germinación hasta la semilla madura). Prolífica producción de semillas y fácil cultivo en espacios reducidos. Métodos de transformación eficientes utilizando Agrobacterium tumefaciens. Un gran número de líneas mutantes y recursos genómicos, muchos de los cuales están disponibles en los Centros de Cultivo. Una comunidad de investigación multinacional de laboratorios académicos, gubernamentales e industriales. Estas ventajas han convertido a Arabidopsis en un organismo modelo para el estudio de la biología celular y molecular de las plantas con flores.TAIR recoge y pone a disposición la información derivada de estos esfuerzos.Visión de Arabidopsis thaliana Historia de Arabidopsis thaliana como organismo de investigación. «La Arabidopsis thaliana fue descubierta por Johannes Thal (de ahí lo de thaliana) en las montañas de Harz en el siglo XVI, aunque la llamó Pilosella siliquosa (y ha pasado por varios cambios de nombre desde entonces). El primer informe de un mutante (que yo sepa) fue en 1873 (por A. Braun). F. Laibach resumió por primera vez el potencial de Arabidopsis thaliana como organismo modelo para la genética en 1943, aunque ya había trabajado en ella mucho antes, publicando su número cromosómico correcto en 1907. La primera colección de mutantes inducidos fue realizada por E. Reinholz, estudiante de Laibach. Su tesis se presentó en 1945 y el trabajo se publicó en 1947. Langridge desempeñó un papel importante en el establecimiento de las propiedades y la utilidad del organismo para los estudios de laboratorio en la década de 1950, al igual que Rédei y otros (como J.H. van der Veen en los Países Bajos, J. Veleminsky en Checoslovaquia y G. Röbbelen en Alemania) en la década de 1960. Una de las muchas e importantes contribuciones de Rédei fue la de escribir reseñas académicas sobre Arabidopsis, una de las cuales, particularmente exhaustiva, se encuentra en Bibliographica Genetica vol 20, nº 2, 1970, pp. 1- 151. Escribió una más fácil de encontrar en Ann. Rev. Genet. (1975) vol. 9,111-127. Ambos repasan parte de la historia temprana del uso de Arabidopsis en el laboratorio, aunque el más largo de 1970 tiene todos los detalles»

-de Elliot Meyerowitz, 1998

Nombres comunes para Arabidopsis Según Redei, GP. (1992) Una mirada heurística al pasado de la genética de Arabidopsis. En Methods in Arabidopsis Research, eds C. Koncz, NH Chua, J Schell, Wold Scientific,Singapore pp1-15. Inglés: Wall cress; mouse-ear cress Alemán: Schmalwand, Gänsekraut, Thal’s Gänsekresse Francés: arabette rameuse, arabette des dames Español: arabide Holandés: zandraket Danés: gåsemad Noruego: vårskrinneblom Húngaro: lúdfü Polaco: rzodkiewnik Japonés: shiro-inu-nazuna Ecotipos de Arabidopsis y distribución geográfica de Arabidopsis Se han recogido más de 750 accesiones naturales de Arabidopsis thaliana en todo el mundo y están disponibles en los dos principales centros de semillas, ABRC y NASC. Estas accesiones son muy variables en términos de forma y desarrollo (por ejemplo, forma de la hoja, pilosidad) y fisiología (por ejemplo, tiempo de floración, resistencia a las enfermedades). Los investigadores de todo el mundo están utilizando estas diferencias en las accesiones naturales para descubrir las complejas interacciones genéticas, como las que subyacen a las respuestas de las plantas al medio ambiente y a la evolución de los rasgos morfológicos. Aunque muchas colecciones de accesiones naturales pueden no ajustarse a una definición estricta de ecotipo, en la bibliografía científica suelen denominarse ecotipos. Imagen PNG de la distribución mundial (1993, de Jonothan Clarke).Esta figura fue elaborada por Jonathan Clarke para su tesis doctoral (1993) con Caroline Dean en Norwich, Reino Unido. Este mapa se basó, es decir, se redibujó, en un original de George Redei (1969). Mapa mundial que muestra la distribución geográfica (longitud, latitud, elevación) de más de 30 ecotipos de Arabidopsis. Esta imagen fue amablemente proporcionada por la Universidad de Toronto y también está disponible como mapa interactivo en su sitio web http://www.bar.utoronto.ca/ Mapa de distribución de Arabidopsis en los EE.UU. de la base de datos de plantas del USDA.Para ver el mapa de forma interactiva (haciendo clic en los enlaces de los estados a la distribución de todo el condado) y ver otros datos ir a la página web de la base de datos de plantas y entrar en una consulta para el nombre científico =Arabidopsis thaliana. Siga los enlaces para ver la distribución y otros enlaces. Información sobre el origen de los ecotipos más utilizados (Landsberg erecta, Columbia y Wassilewskija de NASC. Etapas de crecimiento de Arabidopsis y cronología Tabla de tiempos de las etapas de crecimiento determinadas para el ecotipo Columbia-O de Arabidopsis de Boyes, et.Hal. (2001) The Plant Cell 1499-1510. Vea una película de lapso de tiempo de una semilla de Arabidopsis en germinación, de 0 a 65 horas después de la siembra. El ecotipo es Col-0, las imágenes se capturaron cada 10 minutos. Esta película Quicktime fue proporcionada amablemente a TAIR por el Dr. Ronny Joosen (Universidad de Wageningen). Vea una película de lapso de tiempo que muestra el crecimiento de Arabidopsis desde 4 días después de la siembra (dap) hasta 22 dap. Las plantas Columbia se cultivaron con luz constante en una cámara de crecimiento; las imágenes se capturaron cada treinta minutos. Este vídeo Quicktime de 65 MB abarca desde la germinación hasta la brotación. El vídeo original fue proporcionado amablemente a TAIR por el Dr. Nick Kaplinsky (Swarthmore College, PA) y portado al formato Quicktime. Puede descargar Quicktime aquí. Información sobre Arabidopsis como organismo genético modelo Arabidopsis como planta modelo: informe de la NSF y el MASC. Arabidopsis – A Plant Genome Project, uno de los Nifty50 de la National Science Foundation, Estados Unidos. Libros sobre Arabidopsis Arabidopsis: A Laboratory Manual Detef Weigel and Jane Glazebrook Cold Spring Harbor Lab Press, 2002 Un completo y detallado manual de laboratorio para Arabidopsis que incluye secciones sobre el crecimiento de la planta, el análisis genético, la proteómica y la genómica. The Arabidopsis Book Chris Somerville y Elliot Meyerowitz American Society of Plant Biologists. Un compendio dinámico basado en la web sobre la biología de Arabidopsis. Los capítulos contribuidos, escritos por expertos en sus campos, están disponibles en línea y de forma gratuita como documentos en formato de documento portátil (PDF). Arabidopsis : Un enfoque práctico. (2000) Zoe Wilson ed. Oxford University Press, Oxford, Reino Unido. Más protocolos y métodos Arabidopsis: Annual Plant Reviews, Vol.1. (1998) Mary Anderson y Jeremy Roberts, eds. CRC Press, Boca Raton, FL, USA. Arabidopsis. (1994) Elliot M. Meyerowitz, Chris R. Somerville, eds. CSHL Press, Nueva York, EE.UU. Una visión bastante completa de la Arabidopsología Arabidopsis : an Atlas of Morphology and Development. (1993) John L. Bowman ed. Springer-Verlag, Berlín & Nueva York. Imágenes y descripciones de plantas normales y mutantes de Arabidopsis Methods in Arabidopsis research. (1992) Csaba Koncz, Nam-Hai Chua, Jeff Schell eds. Protocolos y métodos para investigadores de Arabidopsis Timeline 2005: Primera versión del genoma de TAIR (versión TAIR 6.0, noviembre de 2005). 2004: Publicación final de TIGR Genome (versión TIGR 5.0, marzo de 2004). 2003: Lanzamiento de la versión TIGR 4.0 Genome (junio de 2003). 2001: Mayor énfasis en la genómica funcional y comparativa, Programa NSF2010. 2000: Finalización de la secuencia del genoma. 1999: Disponibilidad de chips de ADN y microarrays. 1999: Secuencia de los cromosomas II y IV . 1998: Arabidopsis aparece en el número del genoma de Science . 1997: Se completan los mapas físicos de todos los cromosomas. 1996: Se organiza la Iniciativa del Genoma de Arabidopsis. 1995: Construcción de bibliotecas BAC y P1 estándar. 1994: se inician los esfuerzos de secuenciación del ADNc. 1993: Se establece la transformación de alta eficiencia. 1992: Se publica el primer paseo cromosómico. 1991: Se establecen los centros de stock y la base de datos. 1990: Se inicia el proyecto del genoma de Arabidopsis. 1989: Se clona el primer gen mutante marcado con ADN-T. 1988: Se publica el primer mapa cromosómico RFLP. 1988: Se establece un grupo de noticias electrónico sobre Arabidopsis. 1986: Se publican las primeras secuencias de genes de Arabidopsis. 1986: Se informa de la transformación con Agrobacterium 1985: Se promueve por primera vez como modelo de genética molecular. 1984: Caracterización del tamaño y la complejidad del genoma. 1983: Se publica el primer mapa genético detallado. 1980: Aumenta el interés por el uso de Arabidopsis para estudiar la bioquímica, la fisiología y el desarrollo de las plantas. 1976: Segunda Conferencia Internacional sobre Arabidopsis. 1970: Se publica el primer artículo de revisión importante. 1965: Primera Conferencia Internacional sobre Arabidopsis. 1964: Se publica el primer boletín de Arabidopsis.