Fundada el 31 de marzo de 1782, la misión de San Buenaventura es la novena en la cadena de misiones, la última en ser fundada en vida del padre Serra y una de las seis que él dedicó personalmente. La misión se construyó como parte de la sección del Canal de Santa Bárbara, que incluía las misiones de Santa Bárbara y La Purísima, y El Presidio en Santa Bárbara.
Los padres, que ya tenían tres misiones en el norte y tres en el sur de California, temían una revuelta india en la parte central del estado. Pensaban que una revuelta india podría ser devastadora, debido a la orografía de la zona. Las montañas de la zona del canal de Santa Bárbara se inclinan graciosamente hacia el océano, dejando poco espacio para el paso. Los misioneros temían que los indios enfurecidos pudieran dividir fácilmente el estado, limitando a los españoles a la comunicación por mar. La revuelta nunca se produjo, y la Misión de San Buenaventura continuó como un gran productor agrícola.
Los indios de la zona eran chumash, que cubrían el área desde Ventura hacia el norte hasta San Luis Obispo. Los chumash eran los más avanzados de todas las tribus de las misiones. Utilizando canoas, como esta réplica de la canoa de tablones, los chumash viajaban a menudo a las Islas del Canal de Santa Bárbara, hasta 65 millas de tierra firme. Los chumash destacaban en la fabricación de cestas, una medida que los españoles utilizaban con frecuencia para juzgar la inteligencia de una tribu india. Los indios utilizaban las cestas para cocinar, atrapar peces y transportar agua.
Bajo la dirección del Padre Cambon, los nativos construyeron un acueducto de siete millas que llevaba el agua del río Ventura a este edificio de filtración de agua. Se le llamó apropiadamente el caballo, porque se decía que el caño se parecía a la cabeza de un caballo. El caballo inspiró más tarde terror y desprecio cuando se convirtió en una cárcel.
Las campanas de madera son únicas en la Misión de San Buenaventura. Se utilizaban durante la Semana Santa, entre el Domingo de Ramos y la Pascua, mientras las campanas de metal estaban en silencio. Aunque ciertamente son originales, su origen es un misterio.
Después de una serie de terremotos y un maremoto que los acompañó en 1812, la iglesia ha sido bellamente restaurada; contiene un crucifijo de 400 años de antigüedad procedente de Filipinas. En el centro, sobre el tabernáculo, está San Buenaventura, patrón de la misión. En la iglesia también destaca un santuario de Nuestra Señora de Guadalupe.