Acto IEdit
La guardería de los Darling
Mientras el señor y la señora Darling se preparan para una salida nocturna, dos de sus hijos, Wendy y John, juegan a ser sus padres. Cuando la Sra. Darling se da cuenta de que Michael se ha quedado fuera, lo mete en el juego y se une a todos ellos («1, 2, 3») vigilados por la perra Nana, su niñera. Cuando el Sr. Darling llega para que le anuden la corbata, cuestiona el hecho de tener un perro como niñera, pero la Sra. Darling la defiende. La semana anterior, mientras los niños dormían, Nana vio a un niño en la habitación que salió volando por la ventana antes de que ella pudiera atraparlo, dejando atrás su sombra, que la señora Darling ha guardado en un cajón. A pesar de ello, el Sr. Darling insiste en que Nana pase la noche abajo. La Sra. Darling y los niños cantan una canción de cuna («Tender Shepherd»).
Los niños se quedan dormidos. Un hada, Campanilla, y Peter Pan entran volando por la ventana para buscar su sombra. Wendy es despertada por los gritos del niño cuando no puede volver a colocar su sombra y le ayuda cosiéndola de nuevo. Peter se emociona cuando su sombra se vuelve a pegar («I’ve Gotta Crow») y le cuenta que vive en el País de Nunca Jamás («Never Never Land») con los Niños Perdidos. Wendy despierta a sus hermanos y Peter los invita a todos al País de Nunca Jamás y les promete enseñarles a volar. Peter se lanza alegremente al aire («I’m Flying»).
Peter rocía a los niños con polvo de hadas y les dice que «piensen cosas bonitas» («I’m Flying – Reprise»). Los niños siguen a Peter, pero Michael regresa cuando la criada Liza entra en la habitación, dándole un poco de su polvo de hadas e invitándola a ir al País de Nunca Jamás con ellos.
Acto IIEditar
En el País de Nunca Jamás, los «Niños Perdidos» de Peter están de pie fuera de su guarida subterránea, preguntándose cuándo regresará, cuando oyen al Capitán Garfio y sus piratas («Canción del Pirata»). Los niños se esconden. Garfio le dice a Smee, su mano derecha, que quiere matar a Peter, porque le cortó la mano y se la tiró a un cocodrilo, que desde entonces ha desarrollado un gusto por Garfio y le sigue a todas partes. Por suerte para Garfio, el cocodrilo se ha tragado un reloj que hace tictac y alerta a Garfio de su presencia. Garfio tropieza accidentalmente con la entrada del escondite, y convoca a Smee y sus hombres para que le pongan música de fondo mientras planea la muerte de los chicos («El tango de Garfio»), un rico pastel con glaseado venenoso. De repente, Garfio oye un fuerte tic-tac; el cocodrilo aparece pero Garfio escapa. Los piratas huyen y los Muchachos reaparecen pensando que están a salvo. De repente, aparece un grupo de «indios», liderados por Tiger Lily («indios»). Dejan solos a los Chicos y siguen cazando a los piratas.
Los Chicos Perdidos ven de repente a Wendy en el cielo y, tomándola por un pájaro, uno de ellos le dispara una flecha. Peter, Michael y John aterrizan y encuentran la flecha alojada en su corazón, aunque no está muerta. Los Niños Perdidos construyen una casa alrededor de ella, con la esperanza de que se convierta en su madre («Wendy»), a lo que, cuando despierta, accede. Garfio planta el pastel, pero Wendy no deja que los niños se lo coman porque sabe que no sería bueno para ellos; en su lugar, les cuenta cuentos a los Niños, entre ellos el de Cenicienta. Garfio se enfurece porque los niños han encontrado una madre. Trata de secuestrar a Wendy y a los Niños, mientras Smee y los piratas tocan otra canción «Mi Tarantela». Después de que los piratas se vayan a su barco, llega Liza y baila con los animales de Nunca Jamás mientras Peter vigila fuera de la casa.
Pasan unos días en los que todos viven aventuras. Un día en el bosque, después de que Peter dirija a los Niños en su himno («No creceré»), casi se topan con los piratas, que han capturado a Lirio Tigre y la atan a un árbol. Peter se esconde e imita la voz de Garfio, ordenando a los hombres que la liberen. Cuando Garfio llega, se enfurece y exige que el «espíritu del bosque» hable con él. Peter los engaña a todos haciéndoles creer que es Garfio, y que el verdadero Garfio es un bacalao. Garfio pide al «espíritu» que le revele su verdadera identidad. Peter accede, haciéndose pasar por una «bella dama» («Oh, My Mysterious Lady») y Garfio y sus piratas intentan tender una emboscada a Peter, pero son ahuyentados por Tiger Lily y su tribu de nativos americanos.
De vuelta al escondite, Tiger Lily y su tribu casi son abatidos por los Muchachos, hasta que Peter les revela la tregua entre ellos. Fuman una pipa de la paz y juran amistad eterna («Ugg-a-Wugg»). Lirio Tigre y sus indios se marchan para montar guardia alrededor de la casa de arriba. Wendy le pide a Peter que cante a los niños una nana («Melodía lejana») basada en el clásico cuento de hadas Cenicienta. Michael y John quieren volver a casa, y Wendy admite que también echa de menos su hogar. Los chicos desean tener padres y Wendy les ofrece los suyos. Todos están entusiasmados con la idea de ser adoptados, excepto Peter, que dice que no irá porque sabe que crecerá si lo hace. Wendy le dice que volverá una vez al año para hacer su limpieza de primavera.
Los piratas atacan y someten a los indios. Le dan a Peter una falsa señal de «todo despejado», así que Peter envía con tristeza a Wendy, a sus hermanos y a los Niños Perdidos a seguir su camino. Antes de marcharse, Wendy prepara la «medicina» de Peter para que la tome antes de acostarse. Después de que ella se marche con lágrimas en los ojos, Peter, que fingía no importarle, se tira en una cama y llora hasta quedarse dormido. Al salir de la casa subterránea, Wendy y los niños son capturados por los piratas. Garfio se cuela entonces en la guarida y envenena la medicina de Peter. Campanilla despierta a Peter, le informa de la emboscada y le advierte sobre el veneno, pero él la ignora mientras se prepara para el rescate. Desesperada, ella misma se bebe el veneno. Moribunda, le dice a Peter que si todos los niños y niñas que creen en las hadas aplauden, ella vivirá. Peter pide al público que crea y aplauda. Lo hacen y Campanilla se salva. Peter coge su espada y se dirige a rescatar a Wendy y a los niños.
Acto IIIEditar
La alegre campana
Hook se deleita con su éxito («Hook’s Waltz»). Mientras se prepara la tabla, Garfio oye el tic-tac del cocodrilo y se asusta. En realidad es Peter con un reloj, y mientras Garfio se acobarda Peter y los chicos ayudan a los indios, a los animales y a Liza a subir al barco y a esconderse. Peter se esconde en un armario y mata a dos piratas que Garfio envía. Un tercer pirata, Starkey, se niega a obedecer la orden de Garfio de entrar y salta por la borda. Los piratas llevan entonces a los Niños, y los Niños fingen tener miedo mientras los llevan dentro. Peter se disfraza de pirata y los piratas creen que el «doodle-doo» (llamado así porque Peter todavía canta después de matar a los piratas) ha matado a todos los Muchachos. Garfio cree que el barco está ahora maldito, y todos piensan que Wendy es el origen. Los piratas empujan a Wendy a la tabla. Peter se deshace de su disfraz y los indios y los animales atacan, así como los Muchachos que están vivos y armados. Los piratas son derrotados y Peter reta a Garfio a un duelo y lo derrota. Garfio amenaza con hacer estallar el barco con una bomba, pero se topa con el verdadero cocodrilo (al que Peter también trajo al barco). Peter atrapa la bomba lanzada y la arroja al mar después de que Garfio se deslice por el tablón (que tiene forma de tobogán) con el cocodrilo persiguiéndole por detrás. Cuando Peter se mete los dedos en los oídos, la bomba explota y Garfio vuela en pedazos o es devorado por el cocodrilo. Todos cantan las alabanzas de Peter («Finale: I’ve Gotta Crow» ). Antes de que los niños Darling y los Niños Perdidos se vayan a Londres, Liza le pide a Peter que le enseñe a cacarear («Finale: I’ve Gotta Crow» ).
De vuelta a casa, los Darling se sientan junto a la ventana de la guardería noche tras noche, esperando el regreso de sus hijos. Los niños reaparecen silenciosamente y cantan a su madre («Tender Shepherd» ). Los Darling aceptan felizmente adoptar a los Niños Perdidos («Finale: We Will Grow Up»). Wendy promete esperar a Peter, con la esperanza de que algún día vuelva a por ella.
Pasan los años, y Peter vuelve a la guardería, sorprendiendo a una Wendy mucho más mayor, que ya no le esperaba. Ha venido a llevarla al País de Nunca Jamás para hacer la limpieza de primavera, pero ella se niega porque ya es mayor; está casada y tiene su propia hija, Jane. Peter empieza a llorar y Wendy sale de la habitación al oír la voz de su marido fuera de escena. Jane se despierta y, como su madre antes que ella, pregunta: «Chico, ¿por qué lloras?». Peter se presenta, pero Jane lo conoce todo de las historias de su madre. Ha estado esperando que venga a llevarla al País de Nunca Jamás para aprender a volar. Peter, ahora feliz de nuevo, le echa polvo de hadas, pero cuando están a punto de marcharse, Wendy intenta detenerlos, diciendo: «¡Oh, si pudiera ir contigo!». En el momento más conmovedor del espectáculo, Peter responde con una sonrisa triste pero comprensiva: «No puedes. Verás, Wendy… eres demasiado mayor». Y así, Wendy deja ir a Jane a regañadientes, «sólo para la limpieza de primavera». Su hija y el «chico que no crecía» vuelan en la noche mientras Wendy observa desde la ventana. («Finale: Never Never Land»)