El Blue Marlin y su buque gemelo fueron propiedad de Offshore Heavy Transport de Oslo, Noruega, desde su construcción, en abril de 2000 y noviembre de 1999, respectivamente, hasta el 6 de julio de 2001, cuando fueron adquiridos por Dockwise. La Marina estadounidense contrató a Blue Marlin de Offshore Heavy Transport para trasladar el destructor USS Cole de vuelta a Estados Unidos después de que el buque de guerra resultara dañado por los terroristas suicidas de Al-Qaeda mientras estaba anclado en el puerto de Adén (Yemen). A finales de 2003, los trabajos realizados en el Blue Marlin aumentaron su capacidad y añadieron dos propulsores retráctiles para mejorar su maniobrabilidad. El buque volvió a entrar en servicio en enero de 2004. Tras estas mejoras, el Blue Marlin entregó la plataforma petrolífera Thunder Horse PDQ, de 60.000 toneladas, a Corpus Christi, Texas, para su finalización.
En julio de 2005 el Blue Marlin trasladó la refinería de gas Snøhvit desde su lugar de construcción en Cádiz hasta Hammerfest, un viaje de 11 días. Este transporte se filmó para el programa de televisión Extreme Engineering de Discovery Channel, y también para el programa de televisión Mega Movers de History Channel.
En noviembre de 2005, Blue Marlin partió de Corpus Christi para trasladar el enorme radar de banda X con base en el mar hasta Adak, Alaska, pasando por el extremo sur de Sudamérica y Pearl Harbor, Hawai. Llegó a Pearl Harbor el 9 de enero de 2006, tras haber recorrido 15.000 millas. En enero de 2007, el Blue Marlin fue empleado para trasladar dos plataformas de perforación, el Rowan Gorilla VI y el GlobalSantaFe Galaxy II, desde el puerto de Halifax al Mar del Norte.
El 16 de junio de 2012, el buque llegó al puerto de Ferrol para preparar el transporte del buque de guerra anfibio incompleto HMAS Canberra a Melbourne. El buque australiano fue izado en el Blue Marlin el 4 de agosto de 2012 y estaba previsto que zarpara el 12 de agosto, con destino a los astilleros australianos de BAE Systems en Williamstown. El buque pasó por Port Phillip Heads y llegó a Melbourne el 17 de octubre de 2012.
En mayo de 2019, el Blue Marlin fue brevemente secuestrado frente a la costa de Guinea Ecuatorial. La tripulación se refugió en la ciudadela del barco, mientras los piratas disparaban al puente en señal de frustración y huían antes de la llegada de las armadas de Guinea Ecuatorial y de España.