La asociación entre la migraña y los trastornos gastrointestinales funcionales ha sido confirmada por muchas observaciones clínicas y estudios epidemiológicos. En la mayoría de los pacientes, durante los ataques de migraña, además de diversos síntomas neurológicos y vasculares, se producen trastornos gastrointestinales que incluyen náuseas, vómitos, dolor abdominal o diarrea. Los trastornos gastrointestinales funcionales, como el síndrome del intestino irritable (SII), se registran en pacientes con migraña también en los períodos entre los ataques. Por otra parte, entre el 23 y el 53% de los pacientes con SII tienen dolores de cabeza frecuentes. La migraña y el SII suelen coexistir con la fibromialgia y otros síndromes de dolor crónico y trastornos funcionales. La migraña y el SII afectan aproximadamente al 10-20% de la población general, generalmente a adultos jóvenes. Ambas enfermedades son más prevalentes en las mujeres, quizás debido al papel de los estrógenos en su patogénesis. En busca de los mecanismos patogenéticos comunes del SII y la migraña se está considerando el papel del eje cerebro-intestino y las interacciones neuroinmunes y neuroendocrinas. La influencia del estrés en la aparición y gravedad de los síntomas parece estar asociada a la hiperactividad del eje hipotálamo-hipófisis-suprarrenal. El sistema nervioso entérico, como fuente de numerosos neurotransmisores y reflejos viscerales, es un posible vínculo patogénico común entre el SII y la migraña. En particular, la serotonina, que es el principal neurotransmisor del tracto gastrointestinal, desempeña un papel importante en la patogénesis del SII y de la migraña. Actualmente, los agonistas y antagonistas de los receptores serotoninérgicos son los fármacos más eficaces para el tratamiento del SII y la migraña. Algunos efectos secundarios de los triptanes, agonistas de la 5-HT(1B/D), utilizados en el tratamiento de la migraña pueden estar relacionados con la influencia de los triptanes en las funciones gastrointestinales. Una mejor comprensión de la relación entre la migraña y el síndrome del intestino irritable puede dar lugar a un tratamiento más eficaz de ambas enfermedades.