Una de las propiedades de las enzimas que las hace tan importantes como herramientas de diagnóstico e investigación es la especificidad que presentan en relación con las reacciones que catalizan. Algunas enzimas presentan una especificidad absoluta, es decir, sólo catalizan una reacción concreta. Otras enzimas son específicas para un tipo concreto de enlace químico o grupo funcional. En general, hay cuatro tipos distintos de especificidad:
- Especificidad absoluta: la enzima catalizará sólo una reacción.
- Especificidad de grupo: la enzima actuará sólo sobre moléculas que tengan grupos funcionales específicos, como los grupos amino, fosfato y metilo.
- Especificidad de enlace – la enzima actuará sobre un tipo particular de enlace químico independientemente del resto de la estructura molecular.
- Especificidad estereoquímica – la enzima actuará sobre un isómero estérico u óptico particular.
Aunque las enzimas presentan grandes grados de especificidad, los cofactores pueden servir a muchas apoenzimas. Por ejemplo, la nicotinamida adenina dinucleótido (NAD) es una coenzima para un gran número de reacciones de deshidrogenasas en las que actúa como aceptor de hidrógeno. Entre ellas se encuentran las reacciones de alcohol deshidrogenasa, malato deshidrogenasa y lactato deshidrogenasa.