Madagascar desde 1500 hasta c. 1650
A principios del siglo XVI, gran parte de Madagascar se pobló mediante migraciones internas, lo que dio a las tierras hasta entonces vacías su tompontany (habitantes originales o «dueños de la tierra»). Sin embargo, políticamente la isla seguía fragmentada. La mayoría de los casi 20 grupos étnicos que componen la población malgache moderna no alcanzaron ninguna forma de conciencia «nacional» hasta que llegaron nuevas ideas políticas del extranjero en el siglo XVI y empezaron a extenderse por la isla. Una gran cantidad de relatos europeos escritos del siglo XVI y principios del XVII no revelan ningún gran estado o imperio, y pocas de las tradiciones orales malgaches recogidas desde mediados del siglo XIX se remontan tan lejos en el tiempo.
Aún así, se encontraron pequeños estados locales en muchos puntos a lo largo de la costa visitada por los barcos europeos. Las capitales estaban casi siempre situadas cerca de las desembocaduras de los ríos, los dominios territoriales eran invariablemente pequeños y los gobernantes eran independientes entre sí. Las alianzas y las guerras solían ser asuntos de corta duración que implicaban objetivos económicos limitados y poca pérdida de vidas, y rara vez daban lugar a ajustes fronterizos. Las economías eran pastorales o agrícolas, a menudo una mezcla de ambas, y no había diferencias radicales en cuanto a la riqueza. En algunas zonas los gobernantes parecían ser absolutos, mientras que en otras los ancianos y los sacerdotes tenían una influencia preponderante. En una zona del sureste de Madagascar, que más tarde se conocería como Fort-Dauphin (emplazamiento del fuerte de la Compañía Francesa de las Indias Orientales de ese nombre; actual Tôlan̈aro), los primeros europeos creyeron encontrar un estado musulmán entre los antanosy de la región. Estaba gobernado por un «rey moro» y contaba con una aristocracia con privilegios derivados presumiblemente del Islam. Su nombre colectivo era Zafindraminia, o «descendientes de Raminia», el último gran antepasado.
En el primer cuarto del siglo XVI, los navegantes portugueses informaron de la existencia de una serie de ciudades costeras en el norte de Madagascar que eran arquitectónicamente similares a Kilwa, un importante entrepôt en lo que hoy es Tanzania. Las ciudades pertenecían a una red comercial afroárabe en el océano Índico occidental que sin duda era anterior al siglo XVI. En la ciudad de Vohemar, que fue el centro de comercio internacional del noreste de la isla, la mezcla de costumbres malgaches y afroárabes dio lugar a una tradición artesanal bastante original.
Los exploradores portugueses que visitaron el valle del río Matitana, en el sureste de Madagascar, fueron testigos de la llegada de un grupo de afroárabes («moros de Malindi») entre 1507 y 1513. Al cabo de una o dos generaciones, los descendientes de este grupo se mezclaron y se fusionaron con la tompontania local para formar otro grupo conocido como los antemoro. En la década de 1630, los Antemoro habían formado un estado teocrático, que era el único estado de Madagascar en aquella época que poseía textos escritos. Utilizando el alfabeto árabe, los textos estaban escritos en lengua malgache y eran tanto de carácter religioso como laico. La proximidad al Islam se convirtió en un criterio importante entre los Antemoro para el derecho a gobernar, y no cabe duda de que los cuatro clanes sacerdotales Antemoro estaban mucho más cerca de la fe musulmana que los Zafindraminia de la zona de Fort-Dauphin. Con el tiempo, los santones de Antemoro, que viajaban a lo largo y ancho de Madagascar, llegaron a influir en otros malgaches tanto en la religión como en el gobierno.