Un primer ejemplo de hipogeo se encuentra en el yacimiento minoico de la Edad de Bronce de Cnosos, en Creta. Hogan señala que esta bóveda subterránea tenía forma de colmena y estaba excavada en la roca blanda. El hipogeo de Ħal Saflieni, en Paola (Malta), es el ejemplo más antiguo de un hipogeo prehistórico, cuya fase más temprana data de los años 3600-3300 a.C.; se trata de un complejo de cámaras, salas y pasajes subterráneos que cubren aproximadamente 500 m2 en tres niveles, tallados en parte para imitar la arquitectura de los templos y que contienen abundante arte prehistórico. En Larnaka, Chipre, se descubrió en 1999 la tumba de Lefkaritis.
También se encontraron hipogeos en el Egipto dinástico, como en la pirámide de Mazghuna Norte, la pirámide de Mazghuna Sur y la pirámide de Saqqara Sur. Los hipogeos de la antigua Palmira contenían lóculos cerrados con losas con relieves de retratos esculpidos, y sarcófagos con escenas de banquetes familiares esculpidas en sus tapas.
Los cristianos posteriores construyeron santuarios subterráneos, criptas y tumbas similares, que llamaron catacumbas. Pero esto era sólo una diferencia de nombre, más que de propósito y rituales, y la investigación arqueológica e histórica muestra que eran efectivamente lo mismo. Werner Jacobsen escribió:
Al igual que otros romanos ambiciosos, los obispos-santos de los siglos III y IV solían ser enterrados en hipogeos en los cementerios fuera de las murallas de sus ciudades; a menudo sólo los milagros en sus tumbas hicieron que sus sucesores adoptaran diseños más modernos. En Dijon, el santo y obispo Benigno (m. c. 274) fue enterrado en un gran sarcófago en una tumba de cámara en el cementerio romano. En el siglo VI, la tumba ya estaba en mal estado y era considerada pagana, incluso por el obispo Gregorio de Langres.