La desembocadura del lago Henrys está sujeta a importantes reducciones de las desviaciones de riego durante el verano. A finales de la temporada, cuando las reducciones disminuyen con el clima más frío, se libera más agua en el arroyo, lo que permite que los peces suban desde la sección inferior del río. The Nature Conservancy patrocina una estación de aprendizaje cerca de la corriente de salida.
Al sur del lago en Big Springs, casi 500.000 galones estadounidenses (1.900 m3) de agua constante de 52 °F (11 °C) fluyen hacia el río cada día. El río fluye hacia el sur a través de una meseta elevada en el norte del condado de Fremont, a través del Bosque Nacional Caribou-Targhee, y pasa por el embalse de Island Park. Sale del embalse y fluye por un cañón que se abre en una pradera amplia y llana en la caldera de Island Park, en el centro del condado de Fremont. El río fluye lentamente más allá de la ciudad de Island Park, a través del Parque Estatal Harriman, también conocido como el «Rancho del Ferrocarril», y luego desciende rápidamente a medida que se acerca a la pared de la caldera, fluyendo por encima de las cascadas Upper Mesa y Lower Mesa, y emerge de las montañas en la llanura del río Snake cerca de Ashton. Fluye hacia el suroeste a través de la llanura, pasando por San Antonio, y se divide en múltiples canales en un amplio delta interior al norte de Rexburg. Recibe al río Teton desde el este, aproximadamente 8,0 km al oeste de Rexburg. Se une al Snake desde el noreste a unos 16 km al suroeste de Rexburg, justo por debajo de los 1.463 m.
El embalse de Island Park, un componente del Proyecto Minidoka, se utiliza para el riego en la llanura del río Snake. Su drenaje proporciona una de las pesquerías de trucha arco iris más importantes de Idaho en términos de hábitat, poblaciones de peces y uso por parte de los pescadores. La sección del río entre Henry’s Lake y Big Springs es una de las principales zonas de desove de la trucha y está cerrada a la pesca.
Henrys Fork es conocido desde hace tiempo por su magnífica pesca, especialmente la de mosca seca. Bing Lempke, un instalador de tuberías de la cercana Idaho Falls, era considerado el decano local de la pesca, hasta que murió en 1990.