El poema Flannan Isle es citado por Tom Baker como el Doctor al final de la historia de Doctor Who Horror of Fang Rock, que estaba ambientada en un faro e implicaba una explicación alienígena para la tragedia que les ocurrió a los tres guardianes del lugar y a los supervivientes de un naufragio.
Para el álbum de 1994 Chansons des mers froides (Canciones de los mares fríos), el productor francés Hector Zazou adaptó un extracto del poema Flannan Isle como canción titulada The Lighthouse. La voz principal fue interpretada por Siouxsie Sioux, de Siouxsie and the Banshees, y los coros corrieron a cargo de una chamán nanai.
La canción de Genesis The Mystery of Flannan Isle Lighthouse (en Archive 1967-75) está basada en el incidente, al igual que la ópera The Lighthouse de Peter Maxwell Davies.
La novela Some Strange Scent of Death, de Angela J. Elliott, toma su nombre de una línea del poema y cuenta la desaparición de los fareros.
La historia principal del videojuego Dark Fall II: Lights Out contiene personajes y lugares relacionados con el incidente.
La película de suspense escocesa de 2018 The Vanishing está ambientada en las islas Flannan.