Aunque la prensa egipcia era más libre que bajo Nasser o Sadat, Mubarak introdujo en 1995 una ley que encarcelaría a los periodistas o a los líderes de los partidos que publicaran noticias injuriosas para un funcionario del gobierno. La presión popular hizo que la Asamblea redujera la ley, que finalmente fue anulada por el Tribunal Constitucional de Egipto. Sin embargo, la creciente censura de los tribunales islámicos y del rector de la Universidad de al-Azhar atenuó la libertad de expresión y de prensa a finales del siglo XX y principios del XXI.
En su lucha contra el terrorismo islamista, el régimen de Mubarak recurrió a la detención preventiva y, supuestamente, a la tortura. Los terroristas egipcios, por su parte, asesinaron a varios ministros del gobierno, estuvieron a punto de matar al propio Mubarak en Addis Abeba, Etiopía, en 1995, y mataron a tiros a turistas cerca de los monumentos más famosos de Egipto, incluyendo un ataque especialmente violento en Luxor en 1997. Uno de los principales islamistas, el jeque ʿUmar ʿAbd al-Raḥmān, escapó a Estados Unidos, donde participó en un atentado con camión bomba en 1993 contra el World Trade Center de Nueva York y posteriormente fue condenado a cadena perpetua por ese delito y por conspiración para cometer otros atentados. Otro líder islamista, un pediatra cairota llamado Ayman al-Zawahiri, huyó a Afganistán, donde dirigió a miembros del EIJ para que se unieran a la organización terrorista transnacional Al Qaeda. A pesar de las iniciativas del gobierno para controlar el problema, el terrorismo interno sigue siendo una amenaza para la estabilidad de Egipto.
Algunos problemas sociales y económicos se derivaron de la participación de Egipto en la Guerra del Golfo Pérsico (1990-91) en el bando de la coalición liderada por Estados Unidos, o se agravaron. Las tropas egipcias participaron en el conflicto, al igual que los soldados de muchos países árabes. Aunque Egipto fue recompensado por su participación con la condonación de miles de millones de dólares que debía por la compra de armas a Occidente, muchos trabajadores egipcios expatriados perdieron sus puestos de trabajo en Irak a causa de la invasión de Kuwait por ese país. Asimismo, las esperanzas de Egipto de que sus contratistas ganaran las licitaciones para ayudar a reconstruir Kuwait después de la guerra se vieron defraudadas, y un plan para estacionar tropas egipcias y sirias como fuerzas de paz en la región fue rechazado por los estados del Golfo Pérsico. Tal vez de forma comprensible, los egipcios con problemas económicos empezaron a resentirse con los ricos saudíes, kuwaitíes y otros árabes del Golfo que a menudo pasaban sus vacaciones apostando en los hoteles de lujo de El Cairo.
La opinión pública egipcia también se mostró escéptica ante los continuos esfuerzos de los sucesivos presidentes de Estados Unidos y de su propio presidente por promover la paz entre Israel y otros países árabes y, en particular, los palestinos. En una economía global cambiante, existía la sospecha popular de que esos intentos de fomentar mejores relaciones podían tener algún motivo oculto. En particular, muchos egipcios temían un posible intento de Estados Unidos e Israel de manipular las industrias egipcias, sobre todo desde que las tecnologías informáticas y de la información -cuya obtención y uso por parte de Egipto dependía en gran medida de Occidente- se volvieron más vitales para el crecimiento económico. Sin embargo, desde 2004, la expansión de la conectividad a Internet del país ha ocupado un lugar especialmente importante en la agenda económica del primer ministro egipcio, Ahmad Nazif, él mismo ingeniero informático.
De hecho, el compromiso de Mubarak con el desarrollo interno quedó patente en su elección de tres planificadores económicos sucesivos como primer ministro durante la década de 1990. Y aunque Egipto se estaba volviendo cada vez más sofisticado económicamente, lo hacía a un alto precio. Su independencia se estaba viendo limitada por la interferencia de prestamistas internacionales como el FMI, y la creciente disparidad de ingresos y acceso a los recursos estaba tensando las relaciones entre sus ciudadanos ricos y pobres, además de contribuir a la erosión de la unidad entre sus musulmanes y coptos. Mientras algunos musulmanes acusaban a los coptos de servir como agentes de potencias extranjeras y de controlar la economía de Egipto, algunos coptos acusaban a los musulmanes de destruir las iglesias y de obligar a los cristianos egipcios a convertirse al Islam. Aunque tanto los egipcios musulmanes como los cristianos se han esforzado, en su mayor parte, por minimizar sus diferencias públicamente con el fin de mantener la unidad nacional, el rápido y desigual desarrollo ha supuesto, en última instancia, una amenaza para el liderazgo político y cultural de Egipto en el mundo árabe.
Arthur Eduard Goldschmidt
Las tensiones internas aumentaron a medida que el régimen de Mubarak continuaba reprimiendo a la oposición, deteniendo a los líderes disidentes y restringiendo la expresión política. Se observaron irregularidades generalizadas en las elecciones legislativas de noviembre de 2010, que el PND ganó de forma abrumadora, eliminando de hecho a los partidos de la oposición de la Asamblea Popular.