La protección inmunitaria en los vertebrados la proporciona un sistema dual: la respuesta inmunitaria celular, mediada por los linfocitos T y la respuesta inmunitaria humoral, mediada por los linfocitos B. Estos linfocitos desarrollan su inmunocompetencia en los órganos linfoides primarios: el timo, para los linfocitos T, y la bursa de Fabricio (en las aves), en su equivalente (en los mamíferos), para los linfocitos B. El periodo crucial durante el cual el timo y la bursa influyen en el desarrollo inmunológico es la vida embrionaria y postnatal temprana. Las células madre hemopoyéticas se alojan en estos órganos linfoides primarios durante períodos bien definidos de colonización. Bajo la influencia de los microambientes tímico y bursal, se orientan respectivamente hacia la vía de diferenciación de las células T o B. Adquieren varios antígenos de membrana y un receptor de antígeno. Los linfocitos T también aprenden a reconocer los autoantígenos (antígenos codificados por el Complejo Mayor de Histocompatibilidad). A continuación, los linfocitos T y B colonizan, respectivamente, las zonas dependientes de T y B de los órganos linfoides secundarios, donde se vuelven funcionales. Algunas inmunodeficiencias son el resultado de un defecto en el desarrollo que puede afectar selectivamente a los linfocitos T o B, o a ambos sistemas en el caso de los trastornos por inmunodeficiencia combinada grave.