Si bien la cría planificada del Tonquinés no comenzó hasta la década de 1960, las primeras versiones de la raza, con toda probabilidad, han existido durante cientos de años. Dado que los gatos birmanos, originalmente llamados «gatos de cobre» en su tierra natal del sudeste asiático, existieron en las mismas regiones que los siameses durante siglos, los cruces planificados o involuntarios parecen probables. Los gatos de color marrón sólido (auto-marrón) y los siameses de color chocolate estuvieron entre los primeros felinos que llegaron a Inglaterra desde Siam a finales del siglo XIX, junto con los siameses de ojos azules sealpoint.
Los primeros registros describen a los gatos de color marrón como «siameses, con pelaje de color castaño bruñido, y ojos azul verdoso». Los investigadores creen que estas importaciones no eran todas del mismo tipo genético, sino que representan lo que hoy en día se llamaría birmano, siamés punto chocolate, tonquinés y marrón habano. En este momento, es difícil distinguir unos de otros a partir de las descripciones disponibles. Irónicamente, Wong Mau, el gato fundador del birmano traído a los Estados Unidos en 1930, resultó ser un híbrido siamés/burmés y hoy se consideraría un tonquinés. Estos gatos siameses y de color sólido se exhibieron en Europa a finales del siglo XIX y principios del XX. Sin embargo, poco después, estos gatos cayeron en desgracia. En 1930, el Club del Gato Siamés anunció: «El club lamenta mucho no poder fomentar la cría de otros gatos que no sean siameses de ojos azules». Los gatos de color sólido que carecían de ojos azules fueron prohibidos de la competición y desaparecieron del mundo de los gatos.
El Tonquinés tuvo un nuevo comienzo como raza reconocida a principios de la década de 1960, cuando la criadora canadiense Margaret Conroy cruzó un birmano sable con un siamés sealpoint. El producto del cruce fue un gato de temperamento y tipo intermedios, al que Conroy llamó originalmente «siamés dorado». Cuando el Tonquinés comenzó, tanto el birmano como el siamés aún no habían sido transformados por la cría selectiva en sus conformaciones actuales. El siamés aún no había alcanzado su estilo de exposición extremadamente elegante, y el birmano aún no era tan compacto y rechoncho, ni la forma de la cabeza tan ancha y redondeada. Aun así, la combinación de ambos y la consecución de un tipo de cabeza y cuerpo uniforme y consistente supuso un reto para los criadores de Tonkineses.
Para distinguir la raza del Siamés, el nombre se cambió a «Tonkanese» en 1967. En 1971 los criadores votaron a favor de cambiar el nombre a «Tonquinés» en honor a la Bahía de Tonkín, frente al sur de China y Vietnam del Norte. El nombre era atractivo y tenía un bonito tono exótico, aunque la raza no procedía de la zona de la Bahía de Tonkín.
En colaboración con otros criadores notables como Jane Barletta de Nueva Jersey, Conroy escribió el primer estándar de la raza, que se presentó a la Asociación Canadiense del Gato (CCA). El Tonquinés fue la primera raza que se desarrolló en Canadá. En 1971, la CCA se convirtió en el primer registro felino en conceder el estatus de campeón al Tonquinés. La CFF reconoció al Tonquinés en 1974; la TICA le siguió en 1979, año en que se constituyó como asociación.
En octubre de 1979, la CFA aprobó una «regla de los cinco años», que requería que las nuevas razas permanecieran en la recién creada clase miscelánea de no competición durante cinco años. La CFA concedió el estatus de campeonato a la raza Tonquinés en 1984. En 1990, todas las principales asociaciones habían aceptado la raza para el campeonato.