ApE es un editor de secuencias propio que utiliza un formato modificado de GenBank para guardar las secuencias. El software puede utilizarse para el montaje de trazas de secuenciación, digestiones virtuales, anotación de secuencias y representación esquemática de secuencias. Fue creado y es mantenido por Wayne Davis de la Universidad de Utah. La versión estable actual, en junio de 2010, es la 1.17 y el software funciona en Windows, Mac y Unix. El software es gratuito, pero se fomentan las donaciones.
Características
OS, formato de datos
- corre en Windows, OS X, y Linux/Unix
- importa DNA Strider, Fasta, Genbank, EMBL y ABI sequence traces
- guarda los datos en un formato de archivo Genbank modificado (compatible con DNA Strider)
- exporta la tabla de características BankIt para el envío de secuencias al NCBI GenBank
- exporta archivos gráficos de diagramas de secuencia
Marcado de secuencias y herramientas
- preexistentes tablas de características expandibles que pueden utilizarse para la anotación automática
- búsqueda de secuencias, e.p. ej. para cebadores, sondas o sitios de restricción
- marcar los sitios de restricción y la región en la secuencia y en un simple dibujo
- muestra la traducción, Tm, %GC, ORF del ADN seleccionado
- BLAST de la secuencia seleccionada en NCBI o wormbase
- digestión virtual incluyendo el diagrama de gel
El autor es muy receptivo e integró una opción de exportación a BankIt, que sugerí, en pocos días. –JS 05:50, 30 junio 2010 (EDT)
Hay un error grave que afecta a la función de alineación en las versiones recientes de ApE (lo he encontrado en 2.0.39 – 2.0.45 al menos, puede afectar a todas las versiones 2.0.X?) publicadas en los últimos ~12 meses, incluyendo la versión actual (2.0.45). En algunos casos en los que las secuencias difieren por un solo par de bases, el resultado de la alineación de ApE es incorrecto y los residuos que no coinciden no se resaltan en rojo como se esperaba. Esto puede hacer que sea muy fácil pasar por alto pequeñas supresiones cuando se comprueban los datos de secuenciación con la secuencia esperada. Esto debería ser corregido en la versión 2.0.46 que aún no ha sido lanzada. Vea el informe de error aquí («Mala alineación de secuencias con indels (a veces)»). ¡Utilícelo con precaución! –Damian Ekiert 12:19, 22 de febrero de 2013 (EST). La versión actual, v2.0.46, no tiene este problema, dice el informe de errores — JM 9/2013
Enlaces a la página principal de ApE
- Página principal del editor de plásmidos de ApE & descargas
- Wiki de ApE para preguntas, respuestas, peticiones de características, informes de errores, etc.
- Descargue las últimas versiones preliminares (alfas)
Vea también
- Revisión de ApE en softpedia
- Un tutorial de OWW usando ApE
- Tutorial de Wikiomics:Bioinfo#Procesamiento de secuencias de ADN
- Biosoftware para Mac
- Análisis de secuencias