Todo lo que hoy conforma Allston era parte de Brighton. En 1807 el pueblo se separó de Cambridge. Allston nunca ha existido como entidad política separada por derecho propio. La ciudad de Brighton fue anexada a la ciudad de Boston en 1874. En 1868, una nueva oficina postal y una línea de ferrocarril fueron creados en la parte oeste de Brighton. Se les dio el nombre de Allston, en honor de Allston Washington, pintor quien había vivido y trabajado al otro lado del río Charles en la sección Cambridgeport de Cambridge.
Allston prosperó rápidamente gracias a la ganadería y a la construcción del ferrocarril. Sin embargo, la actividad ganadera terminó a mediados del siglo XX. Allston es conocida como una de las pocas comunidades de los Estados Unidos que llevan el nombre de un artista.
Los Patriotas de Boston (ahora los Patriotas de Nueva Inglaterra) de la liga nacional de fútbol americano jugaron una temporada en Allston (en 1970), en el estadio de Harvard. Los Bravos de Boston jugaron en el campo de los Bravos (ahora campo Nickerson de la universidad de Boston) a partir de 1915 a 1952.